Desenvolvimento de um algoritmo para identificação e caracterização de cavidades em regiões específicas de estruturas tridimensionais de proteínas.

Resumo

A identificação e caracterização de cavidades em proteínas são deverasimportantes, haja vista que são capazes de prover informações que otimizam oprocesso de desenho de drogas e de caracterização funcional de sítios deligação. Propomos neste projeto o desenvolvimento de um software paramapeamento de cavidades cuja gama de qualidades se faz ausente nos softwaresatuais, tais como eficiência, flexibilidade e agilidade. Para isso, utilizaremosum método de grade tridimensional para extração das cavidades Definida acavidade, calcularemos o volume da mesma utilizando um método de integraçãonumérica (tornando um erro disponível) e determinaremos a forma e a extensãoda superfície da cavidade encontrada, fazendo uma possível integração comalgum software gráfico para a visualização da mesma. Em seguida, realizaremos omapeamento das propriedades eletrostáticas da superfície encontrada,permitindo assim uma melhor caracterização físico-química desse sítio deligação. A validação do algoritmo através de aplicações biológicas, como adescrição de diferentes tipos de cavidades, características de sítios deligação de enzimas e receptores.