Seleção natural em genes HLA e seu efeito sobre regiões adjacentes do genoma

• Processo: 10/04577-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2010
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2012
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Diogo Meyer
• Beneficiário: Fábio Henrique Kuriki Mendes
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Genomas Seleção natural Evolução molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Evolução | Genoma | Hla | Mhc | Seleção Natural | Snp | Genômica Evolutiva

Resumo

Moléculas HLA apresentam peptídeos às células T, e ocupam uma posição central na resposta imune adaptativa. A variabilidade nos genes HLA, assim como o padrão de divergência entre seus alelos, indica que eles estão sob seleção balanceadora (i.e., um regime de seleção que aumenta a variabilidade em relação ao esperado para um gene evoluindo de modo neutro). Entretanto, permanecem em aberto importantes questões, tais como a definição de qual regime de seleção atua sobre os genes HLA (seleção sobredominante, dependente de frequência, ou variável no tempo e espaço) e a compreensão de como a seleção nos genes HLA afeta e é afetada pela variabilidade de genes fisicamente ligados. Para responder a essas questões usaremos três bases de dados: SNPs do HapMap1, 2, re-sequenciamento de exons do genoma humano numa amostra populacional3 e sequenciamento da região MHC para 8 haplótipos4. Utilizando esses dados, definiremos 3 partições do genoma: genes HLA, regiões adjacentes aos genes HLA (peri-HLA), e a fração do genoma fora do MHC. A comparação dessas partições, através de testes de neutralidade e análises populacionais, permitirá responder às seguintes questões específicas: I) o acúmulo de mutações deletérias em genes adjacentes aos HLA é maior do que a média genômica?; II) a diferenciação populacional em genes HLA e aqueles adjacentes a eles é diferente da média genômica?; III) o que explica a alta variabilidade em genes HLA: seleção balanceadora direta sobre eles ou seleção em genes ligados? As respostas para essas perguntas trarão novas informações sobre como a seleção atuando em um gene pode afetar regiões adjacentes do genoma, e têm o potencial de explicar por que há tantos genes associados a doenças genéticas que se localizam no MHC. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

MENDES, Fábio Henrique Kuriki. Seleção natural em genes HLA e seu efeito sobre regiões adjacentes do genoma. 2013. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Biociências (IBIOC/SB) São Paulo.