Bioinformática para projetos de metagenoma da bactéria Candidatus Liberibacter, agente do huanglongbing (ex-greening) e transcriptoma e shotgun do ácaro da leprose dos citros (Brevipalpus phoenicis)

• Processo: 06/00768-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2006
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2007
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Marcos Antonio Machado
• Beneficiário: Marcelo da Silva Reis
• Instituição Sede: Instituto Agronômico (IAC). Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA). Secretaria de Agricultura e Abastecimento (São Paulo - Estado). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 05/00718-2 - Estudos da bactéria Candidatus Liberibacter spp., agente causal do huanglongbing (ex-greening) dos citros: diagnóstico, biologia e manejo, AP.TEM
• Assunto(s): Sistemas de informação Biologia computacional Metagenoma Transcriptoma Candidatus liberibacter Greening (doença de planta)
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bioinformatica | Biologia Molecular | Brevipalpus Phoenicis | Haunglongbing | Metagenoma | Transcriptoma | Bioinformática

Resumo

Os avanços das técnicas de Biologia Molecular registrados nos últimos anos, somados aos avanços no campo da Computação, levaram ao desenvolvimento da disciplina conhecida hoje como Bioinformática. A grande massa de dados gerada pelo seqüenciamento de nucleotídeos exige que parte considerável do trabalho seja feita in silico, desde a organização dos dados em um sistema de informação apropriado, passando pelo tratamento das seqüências e de sua posterior identificação computacional e anotação. O profissional de bioinformática precisa ter necessariamente bons conhecimentos tanto de Computação quanto de Biologia. O Centro APTA Citros “Sylvio Moreira” possui a maior biblioteca de ESTs (Expressed Sequence Tags) e shotgun de citros do mundo, além de outras bases de dados de vírus (vírus da tristeza, vírus da leprose, viróides da exocorte e xiloporese), de bactérias (Xylella fastidiosa e Xanthomonas axonopodis pv citri) e de fungos prontas (Phytophthora parasítica) ou em estruturação (Guignardia citricarpa e Alternaria alternata). A manutenção desses sistemas de informação, assim como as análises in silico necessárias, é feita pelo candidato à bolsa. O huanglongbing (HLB), também conhecido como greening, é considerado uma das mais devastadoras doenças dos citros em todo o mundo (Halbert & Manjunath, 2004). Até então restrita a países da Ásia e da África, a doença teve seu agente causal recentemente identificada no Estado de São Paulo (Coletta Filho et al., 2004). Seu agente é a bactéria Candidatus Liberibacter spp. endocelular, não cultivável e limitada ao floema da planta hospedeira. Embora nas plantas cítricas a presença de Ca. Liberibacter resulte em sintomas bastante evidentes, dados de literatura têm mostrado que esta bactéria apresenta distribuição bastante irregular e pode estar presente em baixas concentrações (Hung et al., 1999). Além do mais, a expressão dos sintomas é lenta, podendo variar de 6 a 12 meses (Hung et al., 2000). Em um esforço multidisciplinar envolvendo equipes de vários grupos de pesquisa e desenvolvimento no Estado de São Paulo, a proposta de Projeto Temático vinculado a esse pedido de bolsa de Treinamento Técnico-Nível V, tem como objetivo maior a ampliação da base de conhecimentos sobre o patossistema do huanglongbing, ainda completamente desconhecido nas condições do Estado de São Paulo. Para tanto, propõe ações que vão desde o seqüenciamento parcial do genoma da bactéria, passando por desenvolvimento de sistemas alternativos de diagnóstico, estudo de diversidade da bactéria, estudo de biologia de multiplicação em citros e alguns gêneros afins, avaliação do efeito de temperatura na severidade e intensidade de sintomas da doença e na multiplicação da bactéria, assim como avaliação da aquisição e persistência da bactéria no vetor, ao mesmo tempo em que busca avaliar sistemas de manejo da doença e do vetor.