Bioinformática aplicada ao estudo de marcadores gênicos em aves.

• Processo: 09/00969-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2009
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2009
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Nelson José Freitas da Silveira
• Beneficiário: Quênia Yoko de Paula Matsui
• Instituição Sede: Instituto de Pesquisa e Desenvolvimento (IP&D). Universidade do Vale do Paraíba (UNIVAP). São José dos Campos , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 07/50894-7 - Abordagem computacional na identificação de marcadores tumorais e suas interações com drogas para descobrimento de novos alvos terapêuticos, AP.R
• Assunto(s): Filogenia Biologia computacional Reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa (RT-PCR) Sexagem Polimorfismo genético Marcador molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Filogenia | marcadores moleculares | Polimorfismos | Rt-Pcr | Sexagem | Bioinformática

Resumo

Estudos genômicos podem ser úteis em questões relacionadas à adaptação, especiação e genética de populações tanto em populações humanas como em outros grupos animais. A identificação de polimorfismos faz-se necessária para estudos de fluxo gênico ou hibridização entre espécies, contribuindo para o conhecimento da estrutura genética das populações auxiliando na conservação das espécies.A busca e identificação de marcadores moleculares são importantes tanto para estudos em câncer como em estudos conservacionistas de aves. O presente plano de atividades prevê a busca de sequências de espécies de aves depositadas no GeneBank, cujos representantes destas famílias estejam presentes no campus da Universidade do Vale do Paraíba/UNIVAP, a fim de identificar possíveis polimorfismos em genes intraespecíficos e selecionar, a partir dessas informações as famílias e sequencias de interesse. A partir desta avaliação inicial e escolha das aves, pretende-se identificar possíveis marcadores moleculares que possam auxiliar nos estudos filogenéticos das espécies, contribuindo assim para a seleção de novos marcadores moleculares, relevantes aos estudos de ecologia molecular voltados à conservação e biodiversidade de aves. Além disso, serão analisados polimorfismos na sequência do DNA nuclear de regiões codificadoras para a proteína CHD1 (cromo-helicase ligadora de DNA), que pode ser utilizada como um marcador molecular para estudos de divergência genética em populações naturais de aves. O gene CHD1 é também utilizado para a sexagem molecular de aves em muitas espécies onde a distinção entre machos e fêmeas se torna extremamente difícil, baseando-se somente na sua morfologia externa, especialmente em aves jovens. Entretanto, nem todas as famílias podem ser sexadas a partir de primers descritos na literatura, o que justifica o estudo dos polimorfismos para este gene, a fim de identificar novas regiões alvo para o desenho de primers que possam ser utilizados em aves da Ordem Ratitas. A identificação de polimorfismos é também importante para estudos de consanguinidade. Estes estudos permitirão desenvolver ferramentas biotecnológicas para a realização de genotipagem de aves que venham a ser apreendidas por orgãos governamentais, auxiliando desta maneira no manejo correto destes animais. Todos os pesquisadores interessados nesta linha de pesquisa poderão utilizar protocolos computacionais desenvolvidos no Laboratório de Bioinformática Genômica e Estrutural, obtendo marcadores de interesse específico, podendo posteriormente, validá-los experimentalmente por técnicas como real-time PCR.