| Processo: | 11/15423-9 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Mestrado |
| Data de Início da vigência: | 01 de março de 2012 |
| Data de Término da vigência: | 31 de dezembro de 2013 |
| Área de conhecimento: | Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Metodologia e Técnicas da Computação |
| Pesquisador responsável: | Cristina Dutra de Aguiar |
| Beneficiário: | Felipe Alves da Louza |
| Instituição Sede: | Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação (ICMC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil |
| Bolsa(s) vinculada(s): | 13/01752-6 - Vetores de sufixo e montagem de genomas, BE.EP.MS |
| Assunto(s): | Banco de dados Recuperação da informação Biologia computacional |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | bancos de dados biológicos | índices | vetores de sufixo generalizados | vetores de sufixo para disco | Banco de Dados |
Resumo Com o avanço tecnológico, a quantidade de dados biológicos (ou seja, sequências de DNA e de proteínas) coletados, armazenados em bancos de dados biológicos (BDBs) e disponíveis para análise tem aumentado exponencialmente. Desde que diversos avanços na medicina têm sido obtidos por meio de pesquisa por similaridade em sequências biológicas, surge o desafio de pesquisar eficientemente esses BDBs muito volumosos. Para auxiliar essas pesquisas, existem os índices e, dentro do contexto de bioinformática, o vetor de sufixo é uma estrutura de dados muito utilizada na proposta de índices para aplicações que envolvem pesquisa por similaridade em sequências biológicas. Desafios relacionados ao uso de vetores de sufixo referem-se à construção do vetor de sufixo para grandes sequências de entrada, o armazenamento e a manipulação eficiente de sua estrutura de dados em memória secundária (ou seja, disco), e a indexação de conjuntos de sequências biológicas por meio de vetores de sufixo generalizados. Na literatura, trabalhos correlatos que usam vetores de sufixo para a indexação de sequências biológicas apresentam limitações que motivam o desenvolvimento de novas pesquisas. Por um lado, trabalhos que usam vetores de sufixo generalizados são direcionados apenas à memória primária e, portanto, não vislumbram o armazenamento persistente do vetor de sufixo em disco. Por outro lado, trabalhos voltados à manipulação de vetores de sufixo em disco vislumbram uma melhor organização do índice para diminuir números de acesso a disco, porém eles não enfocam vetores de sufixo generalizados. Essas limitações motivam o desenvolvimento deste projeto de mestrado, o qual tem por objetivo propor um novo índice biológico persistente baseado em vetores de sufixo generalizados. O índice a ser desenvolvido, portanto, avança no estado da arte da pesquisa em indexação em BDBs de forma a preencher essa lacuna existente na literatura. (AU) | |
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