Bioinformática aplicada à biologia sistêmica para a identificação dos fatores regulatórios do acúmulo de sacarose no colmo da cana-de-açúcar

• Processo: 12/12521-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2012
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Carlos Alberto Labate
• Beneficiário: Fabrício Edgar de Moraes
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/56100-5 - Metabolomics of sugarcane and discovery of new hydrolytic enzymes for biofuel production, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Espectrometria de massas Biologia computacional Redes bayesianas Proteômica Metabolômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: espectrometria de massa | Metabolomica | proteômica | Redes Bayesianas | Bioinformática

Resumo

A cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é uma das gramíneas cultivadas mais importantes do mundo e o Brasil é seu maior produtor, que tem como seu principal representante o estado de São Paulo concentrando mais da metade da área destinada a esta cultura. Com isso, faz-se necessário uma alta compreensão dos mecanismos que regulam o acúmulo de sacarose nesta planta. Os mecanismos genéticos que controlam o acúmulo de sacarose na cana de açúcar têm sido estudados em vários níveis, tais como, identificação e localização de genes, identificação de lócus controladores de características quantitativas, transcriptoma, proteoma, caracterização e identificação de metabólitos. Com todos esses estudos é evidente a necessidade de uma abordagem holística para o entendimento global da planta durante o acúmulo de sacarose. Assim este trabalho tem por objetivo caracterizar os metabólitos e as proteínas durante o desenvolvimento da planta e o acúmulo de sacarose, utilizando a bioinformática para unir esses resultados por meio de redes bayesianas em uma abordagem de biologia sistêmica. Assim será possível a construção de uma rede de regulação gênica, identificação de novas funções dos genes, vias metabólicas e fenótipos relacionados ao acúmulo de sacarose em cana-de-açúcar. Todas as informações geradas neste projeto serão integradas aos servidores do SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org/) permitindo aos usuários um crosslink entre os dados de transcriptômica, metabolômica, proteômica, marcadores moleculares (como QTLs e E-QTLs) ou qualquer outro serviço disponível no servidor.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BUDZINSKI, ILARA GABRIELA FRASSON; DE MORAES, FABRICIO EDGAR; CATALDI, THAIS REGIANI; FRANCESCHINI, LIVIA MARIA; LABATE, CARLOS ALBERTO. Network Analyses and Data Integration of Proteomics and Metabolomics From Leaves of Two Contrasting Varieties of Sugarcane in Response to Drought. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 10, NOV 28 2019. (12/22227-4, 12/12521-2)

BOARETTO, LUIS FELIPE; VENEZIANO LABATE, MONICA TERESA; FRANCESCHINI, LIVIA MARIA; CATALDI, THAIS REGIANI; BUDZINSKI, ILARA GABRIELA F.; DE MORAES, FABRICIO EDGAR; LABATE, CARLOS ALBERTO. Proteomics Reveals an Increase in the Abundance of Glycolytic and Ethanolic Fermentation Enzymes in Developing Sugarcane Culms During Sucrose Accumulation. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 12, SEP 30 2021. (12/22227-4, 08/56100-5, 12/12521-2)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

MORAES, Fabrício Edgar de. Bioinformática aplicada à biologia sistêmica para a identificação dos fatores regulatórios do acúmulo de sacarose no colmo da cana-de-açúcar. 2016. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.