Tratamento Bioinformático em Larga Escala de Sequências de Cana de Açúcar e busca de padrões em elementos de transposição.

• Processo: 12/14610-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2012
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2013
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Marie-Anne Van Sluys
• Beneficiário: Rosario Alejandra Medina Rodríguez
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/52074-0 - Sugarcane genome sequence: plant transposable elements are active contributors to gene structure variation, regulation and function, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Cana-de-açúcar Biologia computacional Elementos de DNA transponíveis Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cana de Açúcar | elementos de transposição | montagem genoma | reconhecimento de padões | Sequenciamento em larga escala | Bioinformatica

Resumo

Este projeto pretende iniciar a bolsista na área de genômica com o aprendizado no tratamento de sequenciamento em larga escala, anotação de elementos de transposição e busca de padrões. O bolsista estará envolvido com estes desafios, que estão relacionados com os objetivos do projeto temático no qual se insere esta proposta.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CRUZ, GUILHERME M. Q.; METCALFE, CUSHLA J.; DE SETTA, NATHALIA; CRUZ, EDGAR A. O.; VIEIRA, ANDREIA PRATA; MEDINA, ROSARIO; VAN SLUYS, MARIE-ANNE. Virus-Like Attachment Sites and Plastic CpG Islands: Landmarks of Diversity in Plant Del Retrotransposons. PLoS One, v. 9, n. 5, MAY 21 2014. (09/51632-1, 08/52074-0, 09/09217-7, 12/14610-2, 08/58243-8, 12/02671-7)