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Mapeamento de QTLs utilizando marcadores SNPs em autopoliploides, com aplicações em cana-de-açúcar

Processo: 12/17009-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de novembro de 2012
Vigência (Término): 18 de novembro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
Pesquisador responsável:Antonio Augusto Franco Garcia
Beneficiário:Marcelo Mollinari
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):13/12245-8 - Desenvolvimento de modelos estatísticos para o mapeamento de QTLs utilizando marcadores SNPs em autopoliploides, com aplicações em cana-de-açúcar, BE.EP.PD
Assunto(s):Melhoramento genético vegetal   Saccharum

Resumo

A cana-de-açúcar está entre as mais importantes espécies cultivadas, principalmente em países em desenvolvimento. No entanto, a estrutura poliploide complexa de seu genoma não é bem compreendida. Nos últimos anos, muitos grupos de pesquisa têm feito enormes esforços para identificar locos que controlam a variação fenotípica de caracteres quantitativos (QTLs). Apesar de todos os avanços no desenvolvimento de modelos para o mapeamento de QTLs em espécies de tetraploides, a grande maioria dos modelos utilizados para o mapeamento de QTLs em espécies com elevado nível de ploidia, como é o caso da cana-de-açúcar, são aproximações daqueles usados para organismos diploides. Nesse contexto, o presente projeto tem três objetivos cientificamente relevantes: i) desenvolver novos modelos para o mapeamento de QTLs em espécies com altos níveis de ploidia; ii) implementar esses modelos em um software de código aberto no ambiente estatístico R; iii) utilizar os novos modelos para mapear QTLs para características de importância agronômica em cana-de-açúcar, utilizando marcadores SNPs. Com isso, espera-se que seja possível estudar os efeitos de dosagem alélica de maneira bastante precisa, bem como efeitos de dominância e epistasia. Além disso, espera-se que a inclusão de tais efeitos no modelo de mapeamento forneçam estimativas de QTLs mais precisas e realistas do que as até então encontradas na literatura. Para que as análises sejam realizadas, os SNPs serão classificados usando uma abordagem Bayesiana com o software SuperMASSA, do qual o candidato é coautor. O mapa genético será construído utilizando-se o modelo baseado em cadeias de Markov ocultas, proposto pelo candidato em sua tese de doutorado. Os modelos que serão propostos no presente projeto serão baseados em modelos para mapeamento de QTLs em poliploides existentes na literatura, entretanto diversos desenvolvimentos teóricos serão necessários para que tais modelos contemplem marcadores co-dominantes (como é o caso dos SNPs) e altos níveis de ploidia. Com os resultados do presente projeto, pretende-se obter modelos que forneçam informações importantes para entendimento da arquitetura genética de espécies com altos níveis de ploidia, como é o caso da cana-de-açúcar.

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre a bolsa:
Pesquisadores desenvolvem método para análise do genoma da cana 
New method for sugarcane genome analysis 
Nova ferramenta facilita mapeamento genético de plantas poliploides 
Una nueva herramienta facilita el mapeo genético de plantas poliploides 
New tool facilitates genetic mapping of polyploid plants 
Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (21 total):
Mais itensMenos itens
Agrolink: Ferramenta facilita mapeamento de plantas poliploides (11/Nov/2019)
AgroNews (China): New tool facilitates genetic mapping of polyploid plants (11/Nov/2019)
Morning AgClips (EUA): Tool facilitates genetic mapping of polyploid plants (10/Nov/2019)
Agrovista Profits (Índia): Tool facilitates genetic mapping of polyploid plants (10/Nov/2019)
Health Medicine Network (EUA): New tool facilitates genetic mapping of polyploid plants (09/Nov/2019)
Agenparl (Itália): New tool facilitates genetic mapping of polyploid plants (09/Nov/2019)
TechaPeek: New tool facilitates genetic mapping of polyploid plants (09/Nov/2019)
Phys.Org (Reino Unido): New tool facilitates genetic mapping of polyploid plants (08/Nov/2019)
Bioengineer (Reino Unido): New tool facilitates genetic mapping of polyploid plants (08/Nov/2019)
Brightsurf: New tool facilitates genetic mapping of polyploid plants (08/Nov/2019)
7thSpace: Tool facilitates genetic mapping of polyploid plants (08/Nov/2019)
Scienstack: Tool facilitates genetic mapping of polyploid plants (08/Nov/2019)
SeedQuest: New tool facilitates genetic mapping of polyploid plants (08/Nov/2019)
Technology Networks (Reino Unido): Free Tool Facilitates Genetic Mapping of Polyploid Plants (01/Nov/2019)
LabNetwork: Nova ferramenta facilita mapeamento genético de plantas poliploides (08/Out/2019)
Rural Pecuária: Nova ferramenta facilita mapeamento genético de plantas poliploides (01/Out/2019)
Espaço Ecológico no Ar: Nova ferramenta facilita mapeamento genético de plantas poliploides (26/Set/2019)
Portal Canaonline: Nova ferramenta facilita mapeamento genético de plantas poliploides (26/Set/2019)
Confap - Conselho Nacional das Fundações Estaduais de Amparo à Pesquisa: Nova ferramenta facilita mapeamento genético de plantas poliploides (25/Set/2019)
Portal Gazeta de São Carlos: Nova ferramenta facilita mapeamento genético de plantas poliploides (25/Set/2019)
W Rádio Brasil: Nova ferramenta facilita mapeamento genético de plantas poliploides (25/Set/2019)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MOLLINARI, MARCELO; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO. Linkage Analysis and Haplotype Phasing in Experimental Autopolyploid Populations with High Ploidy Level Using Hidden Markov Models. G3-GENES, GENOMES, GENETICS, v. 9, n. 10, p. 3297-3314, OCT 2019. Citações Web of Science: 1.

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