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Desenvolvimento de modelos estatísticos para o mapeamento de QTLs utilizando marcadores SNPs em autopoliploides, com aplicações em cana-de-açúcar

Processo: 13/12245-8
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 20 de janeiro de 2014
Vigência (Término): 19 de janeiro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
Pesquisador responsável:Antonio Augusto Franco Garcia
Beneficiário:Marcelo Mollinari
Supervisor no Exterior: Rebecca W. Doerge
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Local de pesquisa : Purdue University, Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:12/17009-8 - Mapeamento de QTLs utilizando Marcadores SNPs em autopoliploides, com aplicações em cana-de-açúcar, BP.PD
Assunto(s):Melhoramento genético vegetal

Resumo

A cana-de-açúcar está entre as mais importantes espécies cultivadas, principalmente em países em desenvolvimento. No entanto, a estrutura poliploide complexa de seu genoma não é bem compreendida. Nos últimos anos, muitos grupos de pesquisa têm feito enormes esforços para identificar locos que controlam a variação fenotípica de caracteres quantitativos (QTLs). A grande maioria dos modelos utilizados para o mapeamento de QTLs em espécies com elevado nível de ploidia, como é o caso da cana-de-açúcar, são aproximações daqueles usados para organismos diploides. Nesse contexto, o presente projeto tem como objetivo o desenvolvimento de novos modelos estatísticos para o mapeamento de QTLs em espécies com altos níveis de ploidia para posterior implementação em um software de código aberto no ambiente estatístico R. Com isso, espera-se que seja possível estudar os efeitos de dosagem alélica de maneira bastante precisa, bem como efeitos de dominância e epistasia. Além disso, espera-se que a inclusão de tais efeitos no modelo de mapeamento forneçam estimativas de QTLs mais precisas e realistas do que as até então encontradas na literatura de poliploides complexos, especialmente em estudos de cana-de-açúcar. Os modelos que serão propostos no presente projeto serão baseados em modelos para mapeamento de QTLs em poliploides existentes na literatura, entretanto diversos desenvolvimentos teóricos serão necessários para que tais modelos contemplem marcadores co-dominantes (como é o caso dos SNPs, usados neste projeto) e altos níveis de ploidia. Com os resultados do presente projeto, pretende-se obter modelos que forneçam informações importantes para entendimento da arquitetura genética de espécies com altos níveis de ploidia, como é o caso da cana-de-açúcar. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre a bolsa:
Nova ferramenta facilita mapeamento genético de plantas poliploides 
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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MOLLINARI, MARCELO; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO. Linkage Analysis and Haplotype Phasing in Experimental Autopolyploid Populations with High Ploidy Level Using Hidden Markov Models. G3-GENES, GENOMES, GENETICS, v. 9, n. 10, p. 3297-3314, OCT 2019. Citações Web of Science: 0.

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