Desenvolvimento de ferramentas computacionais para a comparação dos níveis de expressão entre as linhagens de pragas da pecuária

• Processo: 13/00243-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2013
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2014
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Parasitologia - Entomologia e Malacologia de Parasitos e Vetores
• Pesquisador responsável: Tatiana Teixeira Torres
• Beneficiário: Sophie Hokulani Véronique Jessica Tandonnet
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 12/06819-9 - Investigação das bases moleculares da resistência de Rhipicephalus microplus e Cochliomyia hominivorax a parasiticidas, AP.R
• Assunto(s): Boophilus microplus Cochliomyia hominivorax Carrapatos Expressão gênica Análise de sequência de RNA Estudo comparativo
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cochliomyia hominivorax | expressão gênica | Riphicephalus microplus | RNAseq | Resistência a parasiticidas

Resumo

A proposta "Investigação das Bases Moleculares da Resistência de Rhipicephalus microplus e Cochliomyia hominivorax à Parasiticidas" combina o progresso do sequenciamento de segunda geração, abordando a análise de ambos, sequência nucleotídica e expressão gênica, para a caracterização da resposta metabólica a parasiticidas. Esta abordagem requer a comparação entre várias linhagens e doses do produto. Análise de sequências na escala proposta e sua comparação entre as diferentes amostras oferece uma série de desafios computacionais e estatísticos para lidar com o imenso volume de dados. Assim, a atuação de um técnico em informação nas atividades do projeto é de extrema importância para permitir a implementação das rotinas comuns de análise computacional através de um "pipeline" bem como o uso eficiente dos sistemas disponíveis para a análise exploratória dos dados. Como a metodologia empregada é relativamente recente, ainda existe uma grande demanda para otimização de algoritmos e programas, atividade que também exigirá o envolvimento do bolsista. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

TANDONNET, SOPHIE; TORRES, TATIANA TEIXEIRA. Traditional versus 3 ` RNA-seq in a non-model species. GENOMICS DATA, v. 11, p. 9-16, MAR 2017. (08/58106-0, 13/00243-0, 12/06819-9)

TANDONNET, SOPHIE; CARDOSO, GISELE ANTONIAZZI; MARIANO-MARTINS, PEDRO; MONFARDINI, RAQUEL DIETSCHE; CUNHA, VANESSA A. S.; DE CARVALHO, RENATO ASSIS; TORRES, TATIANA TEIXEIRA. Molecular basis of resistance to organophosphate insecticides in the New World screw-worm fly. PARASITES & VECTORS, v. 13, n. 1, NOV 10 2020. (14/13933-8, 12/06819-9, 13/00243-0)

TANDONNET, SOPHIE; TORRES, TATIANA TEIXEIRA. Traditional versus 3 ' RNA-seq in a non-model species. GENOMICS DATA, v. 11, p. 8-pg., 2017-03-01. (13/00243-0, 08/58106-0, 12/06819-9)