Origem de genes recentes, uma abordagem com matrizes PSSM deterioradas e arquiteturas de domínio proteico

• Processo: 13/06592-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2013
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética
• Pesquisador responsável: Sergio Russo Matioli
• Beneficiário: Diego Trindade de Souza
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Alinhamento de sequência
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: alinhamentos multiplos de sequências | Evolução genômica | genenômica evolutiva

Resumo

A origem de novos genes é um importante processo durante a evolução dos organismos, pois fornecem fontes críticas para a inovação evolutiva. As abordagens que mostram como esses novos genes surgem e adquirem novas funções, no decorrer da evolução, são de fundamental importância. Entretanto, mesmo existindo várias fontes de informação sobre a arquitetura de domínios, não há ainda uma base de dados que relacione os genes e suas possíveis filogenias, levando em conta as arquiteturas. Além disso, as metodologias utilizadas nas atuais bases de dados ortólogos falham em agrupar genes homólogos de grupos distantes quando a similaridade entre os genes é insuficiente. Este projeto consiste na implementação de metodologias e recursos computacionais que nos permitirá modelar a origem de proteínas mais recentes, com base em dois aspectos: (I) detectando-se sua origem a partir de embaralhamento de éxons (como mecanismo molecular, manifestado pela formação de novas arquiteturas a partir de domínios pré-existentes) e (II) detectando a origem a partir de genes ancestrais, evidenciada por matrizes PSSM criadas pelo software PSI-BLAST, e corroborada por análise de sobreposição estrutural com topologias em comum. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

SOUZA, Diego Trindade de. Origem de genes recentes, uma abordagem com PSSMs deterioradas e arquiteturas de domínio proteico. 2016. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.