Busca de moldes estruturais para a engenharia de funções catalíticas

• Processo: 14/03768-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2014
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Alessandro Silva Nascimento
• Beneficiário: Erick Giancarlo Suclupe Farro
• Instituição Sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
• Assunto(s): Engenharia de proteínas Enzimas Glicosídeo hidrolases
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: engenharia de proteínas | estrutura e função de proteínas | Motivos Espaciais | Estrutura e Função de Proteínas

Resumo

A existência de uma relação entre a estrutura e a função de proteínas é bem conhecida. Sabe-se que as proteínas evoluíram para desenvolver uma estrutura estável e ótima para o exercício do seu papel funcional. No entanto, qual é a mínima informação necessária para a inserção de uma função proteica? Algumas abordagens já foram avaliadas neste contexto. Uma delas emprega o conceito de motivos espaciais esparsos para a definição de um papel funcional em enzimas, onde as coordenadas atômicas de alguns poucos aminoácidos são empregadas para a inferência de uma função. Neste projeto avaliaremos se a inserção de motivos espaciais esparsos de um sítio ativo razoavelmente simples é capaz de inserir elementos funcionais. Para esta finalidade, buscaremos inserir os motivos espaciais do sítio ativo de uma enzima polissacarídeo mono-oxigenase (previamente denominada hidrolase glicosídica 61 ou GH61) contendo duas histidinas e uma tirosina coordenando um átomo de cobre, em proteínas que contenham uma disposição ótima para esta inserção. A busca será realizada através de um critério geométrico usando o programa SMatch desenvolvido no grupo. A avaliação do ganho funcional será feita em duas etapas: a capacidade de interação com o cobre e a atividade mono-oxigenase. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

FARRO, ERICK GIANCARLO S.; LEITE, ANA ELISA T.; SILVA, ISABELA A.; FILGUEIRAS, JEFFERSON G.; DE AZEVEDO, EDUARDO R.; POLIKARPOV, IGOR; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. GH43 endo-arabinanase from Bacillus licheniformis: Structure, activity and unexpected synergistic effect on cellulose enzymatic hydrolysis. International Journal of Biological Macromolecules, v. 117, p. 7-16, OCT 1 2018. (14/06565-2, 15/13684-0, 14/03768-0)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

FARRO, Erick Giancarlo Suclupe. Caracterização estrutural e bioquímica das arabinanases de Bacillus licheniformis. 2016. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Física de São Carlos (IFSC/BT) São Carlos.