Análise de interações da cromatina na região do gene SOCS1

• Processo: 14/05867-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2017
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Ana Paula de Souza
• Beneficiário: Aline Cristiane Planello
• Instituição Sede: Faculdade de Odontologia de Piracicaba (FOP). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Piracicaba , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 14/20167-0 - Investigação de mecanismo que controlam as alterações na Metilação do DNA na região do gene SOCS1, BE.EP.PD
• Assunto(s): Inflamação
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Conformação cromatina | enhancer | Inflamação | Socs1 | Epigenética humana

Resumo

Enhancers são regiões do genoma conhecidas como elementos regulatórios cis. Desempenham um papel central guiando a expressão genica que gera especificidade celular, sendo capazes de ativar a transcrição de seus genes alvos a grandes distancias. Tanto a condensação da cromatina como a metilação do DNA são capazes de inibir a atividade do enhancer. Recentemente, resultados da minha tese de doutorado demonstraram a existência de uma região regulatória, ainda não descrita na literatura, localizada na ilha CpG do gene SOCS1. Em ensaio de gene repórter esta região apresentou atividade enhancer que foi interrompida pela metilação do DNA in vitro. Análises de bioinformática nos permitiu encontrar possíveis genes alvos deste novo enhancer: RSL1D1, SNN, RMI2, CLEC16A, GSTP1. Estes genes que são candidatos à regulação enhancer de SOCS1 estão associados à proliferação celular, apoptose e regulação da resposta imune inflamatória. Analise in vivo demostrou que quando a ilha CpG do gene SOCS1 estava hipermetilada em amostras de indivíduos com inflamação crônica do periodonto ( periodontite crônica) uma anti-correlação entre a hipermetilação e a expressão do genes alvos pode ser observada nestas amostras. Para finalizar a caracterização dessa região regulatória no SOCS1 será necessário demonstrar a interação desta com a região promotora de um de seus genes alvo. Desta forma, a proposta para esse projeto de pós-doutorado é uma complementação dos resultados obtidos durante o doutorado, onde pretendemos demonstrar in vitro as interações enhancer (SOCS1) ® promotor (gene-alvo) em diferentes linhagens celulares humanas. Para tanto, propomos a utilização da técnica de Captura da Conformação da Cromatina (Chromosome Conformation Capture - 3C). Pela técnica 3C poderemos comprovar a existência das interações das regiões pesquisadas e também mostrar tipos celulares nos quais estas interações podem estar ou não ocorrendo. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

PLANELLO, ALINE C.; SINGHANIA, RAJAT; KRON, KEN J.; BAILEY, SWNEKE D.; ROULOIS, DAVID; LUPIEN, MATHIEU; PERES LINE, SERGIO R.; DE SOUZA, ANA PAULA; DE CARVALHO, DANIEL D.. Pre-neoplastic epigenetic disruption enhancers in chronic inflammation of transcriptional. ONCOTARGET, v. 7, n. 13, p. 15772-15786, MAR 29 2016. (14/05867-5, 10/08180-0, 14/20167-0, 10/05151-9)