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Uso de Next Generation Sequencing na avaliação de cariótipos com número variável de cópias do cromossomo X

Processo: 14/17132-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de novembro de 2014
Vigência (Término): 30 de junho de 2019
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Convênio/Acordo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:Carla Rosenberg
Beneficiário:Darine Christina Maia Villela
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:13/08028-1 - CEGH-CEL - Centro de Estudos do Genoma Humano e de Células-Tronco, AP.CEPID
Bolsa(s) vinculada(s):17/23448-8 - Investigação global de número de cópias em DNA livre circulante no teste pré-natal não invasivo, BE.EP.PD
Assunto(s):Inativação do cromossomo X   Citogenética

Resumo

Em 1997, Dennis Lo e colaboradores descreveram pela primeira vez a presença de fragmentos de DNA fetal livre no plasma materno. Dez anos após essa importante descoberta, dois grupos de pesquisa independentes provaram que mesmo com uma pequena fração de DNA fetal no plasma materno era possível detectar, através do sequenciamento de nova geração (Next Generation Sequencing), fetos trissômicos logo no início de gestação. Rapidamente, testes pré-natais não invasivos para o rastreamento de aneuploidias utilizando DNA fetal livre passaram a ser oferecidos à população. Embora os métodos atuais de sequenciamento se mostrem eficazes em detectar as aneuploidias autossômicas mais comuns, a sensibilidade e especificidade do teste para identificação das aneuploidias dos cromossomos sexuais ainda está abaixo do esperado. Diversos fatores biológicos podem ser apontados como causa para a dificuldade em se determinar acuradamente o número de cópias do cromossomo X. No entanto, um deles se destaca por ser um fenômeno exclusivo a esse cromossomo e que até então não foi investigado. O mecanismo compensatório de dose do cromossomo X, o qual é regulado por variantes de histonas específicas e mantido por metilação, poderia resultar em uma degradação diferencial do DNA ou interferir na amplificação e síntese durante os processos de sequenciamento, o que afetaria a representação inicial ou final desse cromossomo na fração de DNA fetal. Sendo assim, o objetivo principal desse projeto é estudar o impacto da inativação do cromossomo X na detecção de aneuploidias, o que deve contribuir para o desenvolvimento de novos modelos de análise e auxiliar na determinação acurada do números de cópias do cromossomo X. (AU)