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Análise genômica em larga escala de elementos repetitivos com foco em cromossomos B do ciclídeo Astatotilapia latifasciata

Processo: 14/16763-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de dezembro de 2014
Vigência (Término): 31 de julho de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Morfologia - Citologia e Biologia Celular
Convênio/Acordo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:César Martins
Beneficiário:Rafael Luiz Buogo Coan
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Assunto(s):Genética animal   Genômica   Cromossomos B   Tilápia-do-Nilo   Astatotilapia latifasciata

Resumo

Cromossomos B são elementos supranumerários não homólogos ao conjunto cromossômico A, sendo encontrados em diversos grupos taxonômicos. Sua visão sempre foi associada a de um elemento parasita, porém novos estudos começam a propor modelos sobre sua origem, evolução e função dentro da célula. Sabe-se que sua natureza heterocromática provém da alta carga de elementos repetitivos que os constituem. Análises genômicas prévias e sequenciamento de nova geração foram realizados no ciclídeo africano Astatotilapia latifasciata, evidenciando grande quantidade desses elementos repetitivos em seus cromossomos B. A disponibilidade de novas abordagens de análise, que agrupa famílias de sequências repetitivas em grafos, sem a utilização de genomas de referência, tornou possível a caracterização desses elementos a partir de dados em larga escala de sequenciamento de nova geração. Esta abordagem é aplicada por meio da ferramenta RepeatExplorer, que possibilita a identificação desses elementos para posterior análise. Através de modelo computacional, análises de Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real (qPCR) e Hibridização In Situ de Fluorescência (FISH) o presente projeto visa identificar e caracterizar elementos repetitivos utilizando A. latifasciata como modelo, a fim de esclarecer o papel desses elementos na constituição e evolução dos cromossomos B. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
COAN, RAFAEL L. B.; MARTINS, CESAR. Landscape of Transposable Elements Focusing on the B Chromosome of the Cichlid Fish Astatotilapia latifasciata. GENES, v. 9, n. 6 JUN 2018. Citações Web of Science: 8.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
COAN, Rafael Luiz Buogo. Análise genômica em larga escala de elementos repetitivos com foco em cromossomos B do ciclídeo Astatotilapia latifasciata. 2016. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências (Campus de Botucatu)..

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