Potencialização da construção de redes moleculares pelo uso da fragmentação in silico e amazenamento e busca de sub-redes

• Processo: 15/03348-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2015
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2016
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Norberto Peporine Lopes
• Beneficiário: Ricardo Roberto da Silva
• Supervisor: Peter Dorrestein
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of California, San Diego (UC San Diego), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 14/01884-2 - Análise de perfis de metabólitos obtidos por espectrometria de massas utilizando grafos, BP.PD
• Assunto(s): Metabolômica Produtos naturais Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | grafos | Metabolomica | Produtos Naturais | bioinformática

Resumo

A construção de redes moleculares combinada a banco de dados de fragmentação tem uma ampla gama de aplicações para comunidade de produtos naturais. No entanto, a identificação de compostos é limitada pela a cobertura do espaço de formulas estruturais catalogadas em bases de dados. Os recentes avanços na fragmentação in silico demonstraram o potencial para prever espectro de fragmentação de bibliotecas de estrutura de compostos, que pode ser comparado com o espectro experimental. A fusão da rede molecular, banco de dados espectrais e fragmentação in silico pode estender as aplicações da rede para além do espaço químico conhecido. Uma vez construida, uma rede molecular, conhecimento especializado para a inspeção manual da rede ainda é requerido. Este projecto visa a criação de um conceito de aplicação simples, que pode adicionar a anotação de fragmentação in silico à rede molecular gerada por GNPS, e pesquisa de sub-redes criadas e armazenadas pelos usuários. A capacidade de armazenamento de assinaturas de redes anotadas pode gerar grande impacto em diversas aplicações e acelerar a compreensão do metabolismo. (AU)

Publicações científicas

(6)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BOUSLIMANI, AMINA; MELNIK, ALEXEY V.; XU, ZHENJIANG; AMIR, AMNON; DA SILVA, RICARDO R.; WANG, MINGXUN; BANDEIRA, NUNO; ALEXANDROV, THEODORE; KNIGHT, ROB; DORRESTEIN, PIETER C.. Lifestyle chemistries from phones for individual profiling. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 113, n. 48, p. E7645-E7654, NOV 29 2016. (15/03348-3)

CRUSEMANN, MAX; O'NEILL, ELLIS C.; LARSON, CHARLES B.; MELNIK, ALEXEY V.; FLOROS, DIMITRIOS J.; DA SILVA, RICARDO R.; JENSEN, PAUL R.; DORRESTEIN, PIETER C.; MOORE, BRADLEY S.. Prioritizing Natural Product Diversity in a Collection of 146 Bacterial Strains Based on Growth and Extraction Protocols. Journal of Natural Products, v. 80, n. 3, SI, p. 588-597, MAR 2017. (15/03348-3)

DA SILVA, RICARDO R.; WANG, MINGXUN; NOTHIAS, LOUIS-FELIX; VAN DER HOOFT, JUSTIN J. J.; CARABALLO-RODRIGUEZ, ANDRES MAURICIO; FOX, EVAN; BALUNAS, MARCY J.; KLASSEN, JONATHAN L.; LOPES, NORBERTO PEPORINE; DORRESTEIN, PIETER C.. Propagating annotations of molecular networks using in silico fragmentation. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, v. 14, n. 4, APR 2018. (14/01884-2, 14/50265-3, 15/03348-3)

QUINN, ROBERT A.; NAVAS-MOLINA, JOSE A.; HYDE, EMBRIETTE R.; SONG, SE JIN; VAZQUEZ-BAEZA, YOSHIKI; HUMPHREY, GREG; GAFFNEY, JAMES; MINICH, JEREMIAH J.; MELNIK, ALEXEY V.; HERSCHEND, JAKOB; et al. From Sample to Multi-Omics Conclusions in under 48 Hours. MSYSTEMS, v. 1, n. 2, MAR-APR 2016. (15/03348-3)

CRUSEMANN, MAX; O'NEILL, ELLIS C.; LARSON, CHARLES B.; MELNIK, ALEXEY V.; FLOROS, DIMITRIOS J.; DA SILVA, RICARDO R.; JENSEN, PAUL R.; DORRESTEIN, PIETER C.; MOORE, BRADLEY S.. Prioritizing Natural Product Diversity in a Collection of 146 Bacterial Strains Based on Growth and Extraction Protocols. Journal of Natural Products, v. 80, n. 3, p. 10-pg., 2017-03-01. (15/03348-3)

BOUSLIMANI, AMINA; MELNIK, ALEXEY V.; XU, ZHENJIANG; AMIR, AMNON; DA SILVA, RICARDO R.; WANG, MINGXUN; BANDEIRA, NUNO; ALEXANDROV, THEODORE; KNIGHT, ROB; DORRESTEIN, PIETER C.. Lifestyle chemistries from phones for individual profiling. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, v. 113, n. 48, p. 10-pg., 2016-11-29. (15/03348-3)