Identificação e caracterização de CNVs no genoma da galinha e associação com desenvolvimento de músculo de peito

• Processo: 15/00616-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2015
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Luiz Lehmann Coutinho
• Beneficiário: Thaís Fernanda Godoy
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 14/08704-0 - Identificação de locos de interesse zootécnico na galinha doméstica, AP.TEM
• Bolsa(s) vinculada(s): 16/05769-9 - Caracterização de regiões de CNVs no genoma da galinha e associação com características de músculo de peito, BE.EP.DR
• Assunto(s): Técnicas de genotipagem Mutação Biologia molecular Variações do número de cópias de DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Genotipagem | Gwas | mutação | Biologia Molecular

Resumo

A galinha (Gallus gallus), dentre os animais domésticos, é considerada um modelo biológico principalmente no estudo das bases genéticas e das diversidades fenotípicas. Identificar variação genética é uma etapa crucial para a melhor compreensão dos mecanismos moleculares responsáveis pelos caracteres de interesse biológico. Variação de número de cópias (CNV, do inglês copy number variation) vem sendo muito estudadas, por ser uma variante amplamente distribuída no genoma e por contribuir significantemente com a variação fenotípica em diversas espécies. Diferentes tecnologias podem ser utilizadas para a identificação de CNVs no genoma, sendo elas: aCGH, chip de SNPs e sequenciamento de Nova Geração. Em galinhas alguns trabalhos já foram realizados com este objetivo, porém, a maioria utilizou a metodologia de aCGH e nenhum trabalho foi ainda realizado utilizando o chip de alta densidade de SNPs (600K da Affymetrix). Portanto, este estudo tem como objetivo identificar, caracterizar e validar CNVs no genoma todo de duas populações experimentais de galinhas (população de corte e população F2, e seus respectivos parentais) desenvolvidas pela Embrapa Suínos e Aves. E em seguida, associar as CNVs encontradas com características de deposição de músculo de peito. Para este fim realizaremos as seguintes etapas: genotipagem de 2.000 animais com o chip 600 K HD Affymetrix® Axiom® no GeneTitan® (Affymetrix); identificação de CNVs utilizando dois programas (PennCNV e QuantiSNP); determinação das regiões de CNV (CNVRs) e suas frequências nas populações estudadas utilizando o programa CNVRuler; caracterização das CNVRs encontradas e avaliação de possíveis sobreposições com QTLs e genes, anotação das CNVRs; validação das CNVRs identificadas com dados de Sequenciamento de Nova Geração nas linhagens parentais das duas populações; e por fim o estudo de associação genômica (GWAS) das CNVRs com peso e rendimento de músculo de peito. Espera-se com este projeto identificar CNVs nas populações estudadas e associá-las ao desenvolvimento de músculo de peito, possibilitando uma maior compreensão das variantes estruturais no genoma da galinha. (AU)

Publicações científicas

(4)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; POLETI, MIRELE DAIANA; PERTILLE, FABIO; BOSCHIERO, CLARISSA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; GODOY, THAIS FERNANDA; LEDUR, MONICA CORREA; REECY, JAMES M.; GARRICK, DORIAN J.; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Unraveling genomic associations with feed efficiency and body weight traits in chickens through an integrative approach. BMC GENETICS, v. 20, n. 1, NOV 6 2019. (14/21380-9, 16/20440-3, 16/00569-1, 14/08704-0, 15/00616-7)

MOREIRA, GABRIEL COSTA MONTEIRO; BOSCHIERO, CLARISSA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; REECY, JAMES M.; GODOY, THAIS FERNANDA; PERTILLE, FABIO; LEDUR, MONICA CORREA; MEIRA TAVARES MOURA, ANA SILVIA ALVES; GARRICK, DORIAN J.; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Integration of genome wide association studies and whole genome sequencing provides novel insights into fat deposition in chicken. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, NOV 1 2018. (15/00616-7, 14/08704-0, 14/21380-9, 16/20440-3, 16/00569-1)

BOSCHIERO, CLARISSA; MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; GHEYAS, ALMAS ARA; GODOY, THAIS FERNANDA; GASPARIN, GUSTAVO; SAMPAIO CORREA MARIANI, PILAR DRUMMOND; PADUAN, MARCELA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; LEDUR, MONICA CORREA; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Genome-wide characterization of genetic variants and putative regions under selection in meat and egg-type chicken lines. BMC Genomics, v. 19, JAN 25 2018. (14/21380-9, 15/00616-7, 14/08704-0)

MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; BOSCHIERO, CLARISSA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; REECY, JAMES M.; GODOY, THAIS FERNANDA; TREVISOLI, PRISCILA ANCHIETA; CANTAO, MAURICIO E.; LEDUR, MONICA CORREA; GUARATINI IBELLI, ADRIANA MERCIA; PEIXOTO, JANE DE OLIVEIRA; et al. A genome-wide association study reveals novel genomic regions and positional candidate genes for fat deposition in broiler chickens. BMC Genomics, v. 19, MAY 21 2018. (14/21380-9, 15/00616-7, 16/00569-1, 14/08704-0)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

GODOY, Thaís Fernanda. Variação de número de cópias herdadas no genoma da galinha e associação com características de músculo de peito. 2018. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALA/BC) Piracicaba.