Análises em larga escala de proteínas e construção de redes biológicas com foco em estudos de cromossomos B

• Processo: 15/11485-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2015
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: César Martins
• Beneficiário: Rafael Takahiro Nakajima
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Assunto(s): Proteômica Análise de sequência de RNA Biologia de sistemas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biologia de sistema | cromossomo supernumerário | Lc - Ms | Ms | proteômica | RNA-seq | Proteômica

Resumo

Os cromossomos B ocorrem em cerca de 15% das espécies de eucariotos, sendo basicamente compostos de DNAs repetitivos e heterocromáticos. Diversos estudos têm sido conduzidos relacionados à distribuição, frequência, mecanismos de transmissão, estrutura e origem destes cromossomos. Recentemente análises genômicas em larga escala estão sendo utilizada para elucidar questões acerca dos cromossomos supernumerários. Os peixes ciclídeos recebem grande interesse científico, uma vez que muitas espécies terem sofrido rápido e extenso processo de radiação adaptativa. Em algumas espécies do grupo, como a Astatotilapia latifasciata, foi descrita a presença de cromossomos B. Neste trabalho iremos caracterizar o perfil de expressão proteico em tecidos específicos na A. latifasciata via cromatografia líquida de alta performance acoplada à espectrometria de massas (LC-MS/MS) e realizar uma análise funcional da presença do cromossomo B nessa espécie de teleósteo, elucidando a influência que ele pode acarretar em vias metabólicas específicas. Além disso, iremos integrar esses dados com os resultados de RNA-Seq dessa espécie, utilizando redes biológicas para a construção de redes de co-expressão, redes de interação proteína-proteína e construção de uma rede metabólica possibilitando o aprofundamento no conhecimento funcional influenciado pela presença do B. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

NAKAJIMA, Rafael Takahiro. Análises em larga escala de proteínas e construção de redes biológicas com foco em estudos de cromossomos B. 2019. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências. Botucatu Botucatu.