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Busca por parceiros de interação do fator sigma ECF SigX de Pseudomonas aeruginosa

Processo: 15/17444-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de novembro de 2015
Vigência (Término): 31 de outubro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Regina Lúcia Baldini
Beneficiário:Nathalia Caldeira Dias
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Genética   Fator sigma   Peptídeo hidrolases   Pseudomonas aeruginosa   Imunoprecipitação   Cromatografia a gás   Espectrometria de massas

Resumo

Pseudomonas aeruginosa é uma gama-proteobactéria que geralmente habita água e solo, mas que pode infectar organismos filogeneticamente distantes. Sua versatilidade reflete uma maquinaria de regulação gênica muito sofisticada, que inclui fatores sigma, subunidades da RNA polimerase que reconhecem os promotores dos genes-alvo e são geralmente regulados por proteínas anti-sigma. Dentre os fatores sigma extracitoplasmáticos (ECF) existe SigX, que regula a síntese de ácidos graxos e genes relacionados ao metabolismo de c-di-GMP, e para o qual, até o presente momento, não foi encontrado um regulador. Uma das proteínas induzidas em condições em que SigX tem sua concentração diminuída é PA14_41730, uma proteína similar a RimK. O objetivo deste trabalho é analisar a relação entre SigX e as proteínas codificadas pelo operon PA14_41690, PA14_41710 e PA14_41730, além de buscar por outras proteínas que possam regular a função de SigX. Para tanto, dividiremos o trabalho em duas fases: a primeira consistirá em coexpressar as proteínas supracitadas e verificar sua interação com SigX por co-purificação de extratos de E. coli a partir de cromatografia de afinidade. Na segunda fase, His-FLAG-SigX será superexpresso em P. aeruginosa, e as técnicas de coimunoprecipitação e espectrometria de massa serão utilizadas para isolar e identificar proteínas que interajam com este fator sigma e que possam ter um papel na sua regulação.