Perfis de expressão gênica temporal de cana-de-açúcar infectada por ferrugem alaranjada

• Processo: 15/17935-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2016
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2017
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
• Pesquisador responsável: Gabriel Rodrigues Alves Margarido
• Beneficiário: Fernando Henrique Correr
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Melhoramento genético Ferrugem (doença de planta) Saccharum Transcriptoma Biologia computacional Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Interação planta-patógeno | Puccinia | RNA-seq | Saccharum | Transcriptoma | Melhoramento Genético

Resumo

A ferrugem alaranjada de cana-de-açúcar é causada por Puccinia kuehnii, um patógeno foliar recente nos canaviais brasileiros, porém já está entre as doenças de grande importância para a cultura. Entender o comportamento de tal doença é muito importante na compreensão de seus mecanismos de infecção. Este projeto tem como objetivo avaliar o transcriptoma da interação planta-patógeno entre cana-de-açúcar e P. kuehnii, ao longo do estabelecimento e desenvolvimento da doença, através de sequenciamento de RNA em plataforma de nova geração. O material biológico utilizado é oriundo de folhas de cana-de-açúcar da cultivar suscetível SP89-1115 infectadas com P. kuehnii, amostradas em 0h, 12h, 24h, 48h, 5 dias e 12 dias após a infecção; cada ponto no tempo foi representado por três réplicas biológicas, exceto o primeiro tempo (controle), em que se empregaram duas réplicas. Os níveis de expressão de cada transcrito, em cada um dos tempos amostrados, serão empregados para detecção de genes diferencialmente expressos através do pacote DESeq2. Esses resultados permitirão ainda o agrupamento dos transcritos com padrões similares de expressão, ou seja, conforme o aumento, decréscimo ou a manutenção do mesmo nível de expressão ao longo do período de infecção. Por fim, será realizada uma avaliação das vias metabólicas relevantes por meio do BLAST2GO, a fim de se verificar a possibilidade de alteração das mesmas com o avanço do patógeno sobre a folha da cana-de-açúcar. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CORRER, FERNANDO HENRIQUE; HOSAKA, GUILHERME KENICHI; GOMEZ, SERGIO GREGORIO PEREZ; CIA, MARIANA CICARELLI; VITORELLO, CLAUDIA BARROS MONTEIRO; CAMARGO, LUIS EDUARDO ARANHA; MASSOLA JR, NELSON SIDNEI; CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES. Time-series expression profiling of sugarcane leaves infected with Puccinia kuehnii reveals an ineffective defense system leading to susceptibility. Plant Cell Reports, v. 39, n. 7, APR 2020. (15/22993-7, 15/17935-8)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

CORRER, Fernando Henrique. Perfis de expressão gênica temporal de cana-de-açúcar infectada por ferrugem alaranjada. 2017. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALA/BC) Piracicaba.