| Processo: | 16/18215-1 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Doutorado |
| Data de Início da vigência: | 01 de dezembro de 2016 |
| Data de Término da vigência: | 30 de setembro de 2019 |
| Área de conhecimento: | Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada |
| Pesquisador responsável: | Tsai Siu Mui |
| Beneficiário: | Leandro Nascimento Lemos |
| Instituição Sede: | Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil |
| Vinculado ao auxílio: | 14/50320-4 - Dimensões US-BIOTA - São Paulo: pesquisa colaborativa: integrando as dimensões da biodiversidade microbiana ao longo de áreas de alteração do uso da terra em florestas tropicais, AP.BTA.TEM |
| Bolsa(s) vinculada(s): | 17/24037-1 - Diversidade e evolução de características genômicas funcionais associadas com o ciclo do metano e do nitrogênio em metagenomas de solos amazônicos, BE.EP.DR |
| Assunto(s): | Biologia computacional Archaea Metagenômica Amazônia |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Amazonia | Archaea | bioinformática | ciclo do metano | Modelagem In Silico | metagenômica |
Resumo Os dados multi-ômicos que estão sendo gerados no projeto temático "Integrando as dimensões da biodiversidade microbiana ao longo de áreas de alteração do uso da terra em florestas tropicais (Processo: 2014/50320-4)" requerem uma interpretação quantitativa das interações entre as diferentes dimensões da biodiversidade (filogenética, genética e funcional). O objetivo geral deste projeto é desenvolver um modelo de integração de dados baseado nas relações entre características fenotípicas e nas funções gênicas de Archaea metanogênicas provenientes de dados metagenômicos, metatranscritômicos e de amplicons (multi-ômicos). A integração simultânea das três dimensões será realizada por modelagem in silico, tendo como base a parametrização de valores de características, que determinam a aptidão relativa de metanogênicas em diferentes cenários de uso do solo, fatores ambientais (diferentes níveis de umidade e emissões de gases do efeito estufa) e escalas temporais. Esses valores serão extraídos em duas etapas principais de identificação de quais Archaea estão emitindo metano: (i) Análises filogenéticas do gene 16S rDNA/rRNA de comunidades de Archaea e (ii) Integração estatística pareada entre as dimensões adjacentes (par-a-par) pela reconstrução de genomas microbianos, quantificação de expressão gênica de transcritos associados à metanogênese e medidas de fluxo de gases. Por fim, a terceira etapa (iii) deste projeto será a avaliação dos valores de características pelo modelo MicroTrait-ME. A modelagem integrativa será desenvolvida com o uso extensivo de ferramentas de Bioinformática e será aplicada em um conjunto de dados multi-ômicos de um experimento de microcosmos. Este experimento simula uma condição de campo com diferentes níveis de umidade no sistema de conversão floresta-pastagem e 90% dos dados que serão aplicados no modelo já estão disponíveis no laboratório da Profa. Siu Mui Tsai. | |
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