Bolsa 16/13998-8 - Bioetanol - BV FAPESP
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Evolução racional por métodos computacionais aplicados na predição de mutações no desenvolvimento de enzimas para produção de biocombustíveis

Processo: 16/13998-8
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2017
Data de Término da vigência: 17 de junho de 2021
Área de conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:Vitor Barbanti Pereira Leite
Beneficiário:Vinícius de Godoi Contessoto
Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):17/09662-7 - Evolução racional por métodos computacionais aplicada em enzimas relacionadas com a produção de bioetanol, BE.EP.PD
Assunto(s):Bioetanol
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Bioetanol | Evolução in silico | Mutações racionais | Otimização de enzimas | Modelos teóricos-computacionais

Resumo

A procura por fontes de energia limpas e renováveis está entre os grandes desafios para a ciência atual. A utilização do bioetanol de segunda geração é vista como essencial na substituição dos combustíveis fósseis.A produção do bioetanol envolve o uso da porção da biomassa da cana-de-açúcar que não é utilizada diretamente no processo de fermentação.Este processo constitui em transformar a celulose em unidades de carboidratos menores e solúveis por meio de enzimas específicas. O desafio tecnológico atual está na obtenção e otimização das enzimas para realizar o processo hidrolise com maior eficiência.Resultados experimentais obtidos pelo grupo experimental CTBE, em estudos na enzima Xilanase A de Bacillus subtilis,apresentam uma série de mutações que indicam o aumento da atividade catalítica e da termoestabilidade desta enzima.Entender o efeito de cada mutação realizada na enzima é fundamental para se alcançar métodos eficientes para a geração de enzimas otimizadas.A motivação deste projeto é trabalhar na otimização in silico da estabilidade de enzimas, propondo mutações sítio dirigidas que serão testadas experimentalmente.A aplicação imediata, já em desenvolvimento, visa a avaliação e otimização de coquetéis enzimáticos utilizados na produção de bioetanol de segunda geração. A otimização tem como objetivo o aumento de atividade catalítica, o aumento de termoestabilidade e o controle de pH, adequando as enzimas para que seu funcionamento ótimo esteja de acordo com as condições dos reatores. Serão utilizados métodos de predições de mutações baseados na otimização da interação carga-carga da superfície da enzima, na reconstrução de sequências ancestrais e sequência consenso. As mutações sugeridas pelos métodos teóricos serão validadas experimentalmente pelo grupo colaborador do CTBE. (AU)

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Publicações científicas (18)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
OLIVEIRA JUNIOR, ANTONIO B.; CONTESSOTO, VINICIUS G.; MELLO, MATHEUS F.; ONUCHIC, JOSE N.. A Scalable Computational Approach for Simulating Complexes of Multiple Chromosomes. Journal of Molecular Biology, v. 433, n. 6, SI, . (16/13998-8, 16/01343-7, 17/09662-7)
CONTESSOTO, VINICIUS DE GODOI; RAMOS, FELIPE CARDOSO; DE MELO, RICARDO RODRIGUES; DE OLIVEIRA, VINICIUS MARTINS; SCARPASSA, JOSIANE ANIELE; DE SOUSA, AMANDA SILVA; ZANPHORLIN, LETICIA MARIA; SLADE, GABRIEL GOUVEA; PEREIRA LEITE, VITOR BARBANTI; RULLER, ROBERTO. lectrostatic interaction optimization improves catalytic rates and thermotolerance on xylanase. BIOPHYSICAL JOURNAL, v. 120, n. 11, p. 2172-2180, . (17/09662-7, 17/14253-9, 16/19766-1, 19/22540-3, 18/11614-3, 16/13998-8, 14/06862-7)
NGO, KHOA; DA SILVA, FERNANDO BRUNO; LEITE, VITOR B. P.; CONTESSOTO, VINICIUS G.; ONUCHIC, JOSE N.. Improving the Thermostability of Xylanase A from Bacillus subtilis by Combining Bioinformatics and Electrostatic Interactions Optimization. Journal of Physical Chemistry B, v. 125, n. 17, p. 4359-4367, . (16/19766-1, 19/22540-3, 14/06862-7, 16/13998-8, 17/09662-7)
CONTESSOTO, VINICIUS G.; DE OLIVEIRA, VINICIUS M.; FERNANDES, BRUNO R.; SLADE, GABRIEL G.; LEITE, VITOR B. P.. TKSA-MC: A web server for rational mutation through the optimization of protein charge interactions. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, v. 86, n. 11, p. 1184-1188, . (16/13998-8, 16/19766-1, 14/06862-7, 17/09662-7)
VINÍCIUS DE GODOI CONTESSOTO; ANTONIO BENTO DE OLIVEIRA JUNIOR; JORGE CHAHINE; RONALDO JUNIO DE OLIVEIRA; VITOR BARBANTI PEREIRA LEITE. Introdução ao problema de enovelamento de proteínas: uma abordagem utilizando modelos computacionais simplificados. Revista Brasileira de Ensino de Física, v. 40, n. 4, . (16/13998-8, 17/09662-7, 14/06862-7, 16/19766-1)
DE OLIVEIRA, VINICIUS MARTINS; CONTESSOTO, VINICIUS DE GODOI; DA SILVA, FERNANDO BRUNO; ZAGO CAETANO, DANIEL LUCAS; DE CARVALHO, SIDNEY JURADO; PEREIRA LEITE, VITOR BARBANTI. Effects of pH and Salt Concentration on Stability of a Protein G Variant Using Coarse-Grained Models. BIOPHYSICAL JOURNAL, v. 114, n. 1, p. 65-75, . (13/13151-7, 16/19766-1, 16/13998-8, 17/09662-7, 14/06862-7)
OLIVEIRA, JR., ANTONIO B.; ESTRADA, CYNTHIA PEREZ; AIDEN, EREZ LIEBERMAN; CONTESSOTO, VINICIUS G.; ONUCHIC, JOSE N.. Chromosome Modeling on Downsampled Hi-C Maps Enhances the Compartmentalization Signal. Journal of Physical Chemistry B, v. 125, n. 31, p. 8757-8767, . (16/13998-8, 17/09662-7)
OLIVEIRA JUNIOR, ANTONIO B.; CONTESSOTO, VINICIUS G.; MELLO, MATHEUS F.; ONUCHIC, JOSE N.. A Scalable Computational Approach for Simulating Complexes of Multiple Chromosomes. Journal of Molecular Biology, v. 433, n. 6, p. 10-pg., . (16/13998-8, 17/09662-7, 16/01343-7)
FREITAS, FREDERICO CAMPOS; LIMA, ANGELICA NAKAGAWA; CONTESSOTO, VINICIUS DE GODOI; WHITFORD, PAUL C.; DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO. Drift-diffusion (DrDiff) framework determines kinetics and thermodynamics of two-state folding trajectory and tunes diffusion models. Journal of Chemical Physics, v. 151, n. 11, . (17/09662-7, 16/13998-8)
HOENCAMP, CLAIRE; DUDCHENKO, OLGA; ELBATSH, AHMED M. O.; BRAHMACHARI, SUMITABHA; RAAIJMAKERS, JONNE A.; VAN SCHAIK, TOM; CACCIATORE, ANGELA SEDENO; CONTESSOTO, VINICIUS G.; VAN HEESBEEN, ROY G. H. P.; VAN DEN BROEK, BRAM; et al. 3D genomics across the tree of life reveals condensin II as a determinant of architecture type. Science, v. 372, n. 6545, p. 984+, . (16/13998-8, 17/09662-7)
CHENG, RYAN R.; CONTESSOTO, VINICIUS G.; AIDEN, EREZ LIEBERMAN; WOLYNES, PETER G.; DI PIERRO, MICHELE; ONUCHIC, JOSE N.. Exploring chromosomal structural heterogeneity across multiple cell lines. eLIFE, v. 9, . (17/09662-7, 16/13998-8)
DA SILVA, FERNANDO B.; DE OLIVEIRA, VINICIUS M.; SANCHES, MURILO N.; CONTESSOTO, VINICIUS G.; LEITE, VITOR B. P.. Rational Design of Chymotrypsin Inhibitor 2 by Optimizing Non-Native Interactions. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, v. 60, n. 2, p. 982-988, . (16/19766-1, 16/13998-8, 17/09662-7, 17/25130-5, 18/11614-3, 18/18668-1)
DODERO-ROJAS, ESTEBAN; FERREIRA, LUIZA G.; LEITE, VITOR B. P.; ONUCHIC, JOSE N.; CONTESSOTO, VINICIUS G.. Modeling Chikungunya control strategies and Mayaro potential outbreak in the city of Rio de Janeiro. PLoS One, v. 15, n. 1, . (17/09662-7, 18/18668-1, 16/13998-8)
DA SILVA, FERNANDO BRUNO; CONTESSOTO, VINICIUS G.; DE OLIVEIRA, VINICIUS M.; CLARKE, JANE; LEITE, VITOR B. P.. Non-Native Cooperative Interactions Modulate Protein Folding Rates. Journal of Physical Chemistry B, v. 122, n. 48, p. 10817-10824, . (16/19766-1, 16/13998-8, 17/09662-7, 14/06862-7, 18/11614-3)
CONTESSOTO, VINICIUS G.; FERREIRA, PAULO H. B.; CHAHINE, JORGE; LEITE, VITOR B. P.; OLIVEIRA, RONALDO J.. Small Neutral Crowding Solute Effects on Protein Folding Thermodynamic Stability and Kinetics. Journal of Physical Chemistry B, v. 125, n. 42, p. 11673-11686, . (16/13998-8, 19/22540-3, 16/19766-1)
DA SILVA, FERNANDO BRUNO; DE OLIVEIRA, VINICIUS MARTINS; DE OLIVEIRA JUNIOR, ANTONIO BENTO; CONTESSOTO, VINICIUS DE GODOI; LEITE, VITOR B. P.. Processing of Composite Electrodes of Carbon Nanotube Fabrics and Inorganic Matrices via Rapid Joule Heating. Journal of Physical Chemistry B, v. N/A, p. 10-pg., . (18/11614-3, 16/13998-8, 17/09662-7, 19/22540-3)
CONTESSOTO, VINICIUS G.; DUDCHENKO, OLGA; AIDEN, EREZ LIEBERMAN; WOLYNES, PETER G.; ONUCHIC, JOSE N.; DI PIERRO, MICHELE. Interphase chromosomes of the Aedes aegypti mosquito are liquid crystalline and can sense mechanical cues. NATURE COMMUNICATIONS, v. 14, n. 1, p. 12-pg., . (16/13998-8, 17/09662-7)
CONTESSOTO, VINICIUS DE GODOI; RAMOS, FELIPE CARDOSO; DE MELO, RICARDO RODRIGUES; DE OLIVEIRA, VINICIUS MARTINS; SCARPASSA, JOSIANE ANIELE; DE SOUSA, AMANDA SILVA; ZANPHORLIN, LETICIA MARIA; SLADE, GABRIEL GOUVEA; PEREIRA LEITE, VITOR BARBANTI; RULLER, ROBERTO. Electrostatic interaction optimization improves catalytic rates and thermotolerance on xylanases. BIOPHYSICAL JOURNAL, v. 120, n. 11, p. 9-pg., . (16/19766-1, 16/13998-8, 17/14253-9, 18/11614-3, 14/06862-7, 19/22540-3, 17/09662-7)