Uma ferramenta de bioinformática para estimar expressão e mapear eQTLs de genes HLA de maneira confiável em múltiplos bancos de dados

• Processo: 16/24734-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 20 de abril de 2017
• Data de Término da vigência: 19 de abril de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Diogo Meyer
• Beneficiário: Vitor Rezende da Costa Aguiar
• Supervisor: Emmanouil Dermitzakis
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Université de Genève, Suíça
• Vinculado à bolsa: 14/12123-2 - Expressão e mapeamento de eQTLs em genes HLA: análises baseadas em ensaios de RNAseq de larga escala, BP.PD
• Assunto(s): Genética populacional Biologia computacional QTLs Imunogenética Genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Genética de populações | Genômica | Imunogenética | QTLs | Genética de populações

Resumo

Os genes HLA são os loci mais polimórficos do genoma, e também os mais associados a doenças. Isso coloca os genes HLA entre os genes mais estudados no genoma. Entretanto, seu polimorfismo extremo impõe desafios a métodos de quantificação de expressão, e como consequência o estudo da expressão e regulação de HLA ainda está apenas no início. Em nosso projeto principal, nós desenvolvemos uma abordagem computacional para fornecer estimativas confiáveis de expressão para genes HLA usando dados padrão de RNA-seq, e aplicamos essa abordagem a um banco de dados público com 445 indivíduos para estimar expressão e mapear variantes genéticas que a regulam. Neste estágio, uma extensão natural do projeto é (1) integrar nossa abordagem para análise de HLA como um módulo no programa QTLtools, e disponibilizá-la publicamente (2) usar esse programa para estender nossa análise para múltiplos tecidos, cujos dados estão disponíveis através do consórcio GTEx. Para atingir esses objetivos, nós propomos uma colaboração com o grupo do Prof. Dermitzakis na Universidade de Genebra, que desempenhou um papel central no consórcio GTEx e tem expertise no desenvolvimento de ferramentas de bioinformática, incluindo um pacote eficiente para mapeamento de QTLs.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

AGUIAR, VITOR R. C.; CESAR, JONATAS; DELANEAU, OLIVIER; DERMITZAKIS, EMMANOUIL T.; MEYER, DIOGO. Expression estimation and eQTL mapping for HLA genes with a personalized pipeline. PLOS GENETICS, v. 15, n. 4, APR 2019. (12/18010-0, 15/19990-6, 16/24734-1, 13/22007-7, 14/12123-2)