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Desenvolvimento de um fluxo de trabalho (workflow) para analisar amostras de eDNA para estimar a biodiversidade de parasitas myxozoários (Cnidaria) em amostras de água de rio

Processo: 17/11823-9
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de outubro de 2017
Vigência (Término): 30 de setembro de 2018
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Medicina Veterinária Preventiva
Pesquisador responsável:Antonio Augusto Mendes Maia
Beneficiário:Tiago Milanin
Supervisor no Exterior: Jerri Lee Bartholomew
Instituição-sede: Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos (FZEA). Universidade de São Paulo (USP). Pirassununga , SP, Brasil
Local de pesquisa : Oregon State University (OSU), Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:15/18807-3 - Detecção de mixosporídeos em oligoquetas de sistemas de criação de pintado híbrido (Pseudoplatystoma corruscans x Pseudoplatystoma reticulatum) no Estado de Mato Grosso do Sul, Brasil, BP.PD
Assunto(s):Biodiversidade   Sequenciamento de nova geração   Parasitologia   Myxozoa   Peixes

Resumo

Myxozoarios é um grupo diversificado de parasitas formadores de esporos que são uma ameaça para populações de peixes selvagens e cultivados em todo o mundo, incluindo o salmão, carpa, catfish e linguado. Na medida em que a aquicultura se expande, novas espécies de myxozoarios podem causar problemas econômicos, os quais podem estar relacionados a espécies não patogênicas emergentes, ou espécies desconhecidas que podem estar presentes em populações de peixes selvagens e que, posteriormente, venham a infectar populações cultivadas. A obtenção de dados da biodiversidade do parasita é importante para se melhor avaliar os riscos que estes podem causar na aquicultura. A abordagem atual de levantamento de amostragem e identificação de myxozoarios em peixes é trabalhosa demorada e envolve a captura e dissecação dos exemplares, seguido do exame microscópico do tecido infectado. Neste contexto, este projeto propõe o uso de uma abordagem alternativa para uma estimativa mais eficiente da diversidade de myxozoarios. Neste sentido, serão utilizadas amostras de myxozoarios a partir de água coletada da bacia de Willamette (DNA ambiental ou eDNA). Os métodos de eDNA representam uma ferramenta poderosa e eficiente para a compreensão de comunidades complexas de parasitas aquáticos. Para isso, será desenvolvida uma metodologia capaz de estimar a diversidade de myxozoarios coletados a partir do filtrado de água do rio, usando métodos de enriquecimento do DNA através do uso de beads magnéticas para purificação de DNA seguido de PCR e sequenciamento de última geração. A água da bacia de Willamette, no Oregon, EUA, é um sistema onde as espécies de myxozoarios já foram estudas através de métodos convencionais. Este será o primeiro estudo a comparar os dados da diversidade de espécies de myxozoarios obtidos de forma convencional com os resultados obtidos de amostras de eDNA do mesmo ambiente. O principal objetivo é desenvolver uma metodologia que forneça estimativas mais precisas da biodiversidade de myxozoarios, sem a abordagem atual que demanda um tempo mais longo. A metodologia que será desenvolvida neste projeto poderá ser empregada no Brasil para a pesquisa de myxozoarios em rios e ambientes aquáticos e, desta forma, gerar conhecimento que pode minimizar o impacto destes parasitas na aquicultura. (AU)