Estudo sistemático de inserções de Alu em câncer.

• Processo: 17/23575-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Pedro Alexandre Favoretto Galante
• Beneficiário: Fernanda Orpinelli Ramos do Rego
• Supervisor: Kathleen Helen Burns
• Instituição Sede: Hospital Sírio-Libanês. Sociedade Beneficente de Senhoras (SBSHSL). São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Johns Hopkins University (JHU), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 15/25020-0 - Retroelementos em tumores primários e metastáticos de câncer colorretal., BP.DR
• Assunto(s): Retroelementos Biologia computacional Neoplasias
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Alu | bioinformática | câncer | retrotransposons | SINEs | Variação Estrutural | Bioinformática

Resumo

Os elementos transponíveis foram descobertos em 1940, mas sua importância na composição do genoma, evolução e seu papel como elementos regulatórios, se deram após o desenvolvimento de metodologias de sequenciamento de DNA. Esses elementos podem ser subdivididos em duas classes, transposons de DNA e retrotransposons, sendo estes últimos o nosso foco de interesse. O processo de retrotransposição é mediado por uma maquinaria enzimática chamada retrotransposase que é viabilizada pelo elemento mais freqüente do genoma humano, LINE (Long Nuclear Interspersed Element). LINEs, especialmente LINE-1, são elementos autônomos, ou seja, retrotransposons codificadores de proteínas que podem usar sua própria maquinaria para se retrocopiarem ou retrocopiarem outros elementos, como SINEs e retrocópias de genes de codificadores, ambos elementos não-autônomos. Alu, a família mais freqüente de SINEs, compõe 11% do genoma humano e, apesar de sua intensa atividade ter ocorrido na evolução dos primatas, esses elementos continuam a se inserir em humanos modernos causando a variação do número de cópias e doenças. Alguns autores recentemente mostraram que os retroelementos podem ser valiosos marcadores de heterogeneidade intratumoral e evolução clonal, e podem ser funcionalmente importantes em tecidos normais e pré-cancerosos. Acreditamos que os retroelementos, especialmente os Alus, podem desempenhar um papel importante na tumorigênese e que a melhoria de métodos para identificar pontos de inserção desses elementos levará a avanços fundamentais na compreensão do seu impacto na biologia do câncer. Neste trabalho, propomos o estudo de novas inserções de sequências de Alu em tecidos tumorais e normais com base na metodologia TIPseq. Pretendemos explorar o papel das inserções adquiridas somaticamente no contexto da carcinogênese, explorando uma nova abordagem para o mapeamento dos retroelementos usando DNA genômico de linhagens celulares, amostras normais e tumorais. Ao final, esperamos compreender qual a freqüência, os impactos e a importância desses eventos durante a evolução do tumor e sua contribuição para a heterogeneidade intratumoral.