Normalização de dados de expressão gênica pelo volume celular na leucemia linfóide aguda

• Processo: 17/02301-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2018
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética
• Pesquisador responsável: José Andrés Yunes
• Beneficiário: Victor Sande Vasconcelos
• Instituição Sede: Centro Infantil de Investigações Hematológicas Dr Domingos A Boldrini (CIB). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Expressão gênica Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos Leucemia-linfoma linfoblástico de células precursoras
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | expressão gênica | Leucemia linfoide aguda | Micro-arranjo de DNA | Normalização | Volume celular | Bioinfomática

Resumo

O desenvolvimento de tecnologias de análise da expressão gênica global vem sendo largamente usadas em biologia, para entender diversos fenômenos moleculares e celulares, através da identificação de conjuntos gênicos e as correspondentes vias moleculares, diferencialmente expressos em determinada situação teste. Além disso, análises do perfil de expressão gênica vêm sendo amplamente utilizadas na busca de marcadores moleculares para o diagnóstico e/ou prognóstico das mais diversas doenças, entre as quais o câncer. No caso da leucemia linfoide aguda, por exemplo, a análise da expressão gênica permite discriminar um subtipo mais agressivo da doença conhecido como BCR-ABL1-like. No entanto, os valores de expressão gênica são normalizados por uma mesma massa de RNA e não por um mesmo número de células. Ou seja, desconsidera-se o fato de diferentes tumores/leucemias terem volume celular diferente, logo, quantidade de RNA por célula também variável, o que pode levar a resultados não condizentes com a realidade. Por conta disso, é possível que tenha se perdido informação importante. Neste trabalho pretendemos desenvolver um método de normalização de dados de expressão gênica de acordo com o volume celular. Para isso faremos uso de dados de microarranjos de 143 casos de LLA (B-derivada e LLA-T), para as quais também temos estimativa de tamanho aferido no citômetro de fluxo. Feita a nova normalização, refaremos a caracterização dos diferentes tipos moleculares de LLA, buscando genes típicos de cada grupo e genes associados com a resposta clínica dos pacientes. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

VASCONCELOS, Victor Sande. Normalização de dados de expressão gênica de leucemia linfóide aguda pelo volume celular. 2019. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia Campinas, SP.