Anotação taxonômica de sequências de cDNA obtidas em larga escala a partir de genes funcionais microbianos associados com metanogênese e metanotrofia recuperadas de áreas inundáveis da Amazônia

• Processo: 18/02277-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Ecologia - Ecologia de Ecossistemas
• Pesquisador responsável: Acacio Aparecido Navarrete
• Beneficiário: Marília de Souza Bento
• Supervisor: Paulus Bodelier
• Instituição Sede: Centro de Ciências e Tecnologias para a Sustentabilidade (CCTS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). Sorocaba , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Royal Netherlands Academy of Arts and Sciences, Holanda
• Vinculado à bolsa: 17/06415-9 - Dinâmica seca-inundação de comunidades microbianas metanogênicas e metanotróficas em planícies aluviais dos rios Negro e Solimões na Amazônia brasileira, BP.MS
• Assunto(s): Ecologia microbiana
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bionformatics | ecological metrics | functional genes | methanogen | methanotroph | Ecologia Microbiana

Resumo

O principal objetivo deste estágio de pesquisa no exterior é aplicar abordagens computacionais para pré-processamento e anotação de sequências de mRNA de micro-organismos ativos associados à produção e consumo de metano (metanogênese e metanotrofia) recuperadas de áreas alagáveis naturais e agrícolas em planícies de inundação de rios amazônicos de águas barrentas (rio Solimões), negras (rio Negro) e claras (rio Tocantins) na estação seca. O programa Mothur (v 1.3.3) será utilizado para junção das leituras de mRNA obtidas por sequenciamento bidirecional. Os 'contigs' montados serão então ordenados de acordo com seu comprimento e na correspondência com os primers (d 2 erros), espaçador (d 2 erros) e 'barcodes' (d 1 erro). Barcodes, primers e espaçador serão removidos. O programa USEARCH 6.0 será utilizado para remover as leituras quiméricas putativas. As sequências de nucleotídeos serão convertidas em sequências de cDNA dos respectivos genes funcionais e as alterações nos quadros de leitura serão corrigidas usando o programa FRAMEBOT. As sequências dos genes mcrA, pmoA, pmoA2, mmoX, mcrA (metanotróficas dependentes de nitrato) e 16S rRNA (filo bacteriano NC10) serão alinhadas e agrupadas em Unidades Taxonômicas Operacionais (OTUs) com 89%, 93%, 93% 89%, 89% e 97% de 'cut-off' de identidade, respectivamente. Três atividades diferentes compõem o plano de trabalho: (i) pré-processamento de sequências de mRNA; (ii) agrupamento OTUs e anotação taxonômica, (iii) normalização dos dados de sequências e métricas ecológicas, e (iv) interpretação ecológica dos resultados.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BENTO, MARILIA DE S.; BARROS, DAYANE J.; ARAUJO, MARIA GABRIELLA DA S.; DA ROZ, RAFAEL; CARVALHO, GLAUBER ALTRAO; DO CARMO, JANAINA B.; TOPPA, ROGERIO H.; NEU, VANIA; FORSBERG, BRUCE R.; BODELIER, PAUL L. E.; et al. Active methane processing microbes and the disproportionate role of NC10 phylum in methane mitigation in Amazonian floodplains. BIOGEOCHEMISTRY, v. 156, n. 2, SEP 2021. (17/04665-8, 17/03575-5, 17/06415-9, 18/02277-3, 16/16687-3, 17/13499-4, 18/15847-2)