Avaliação da ocorrência de expressão alelo-específica no genoma poliploide da cana-de-açúcar

• Processo: 18/02489-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
• Pesquisador responsável: Gabriel Rodrigues Alves Margarido
• Beneficiário: Guilherme Bovi Ambrosano
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Genômica funcional Expressão gênica diferencial Dosagem Alelos Técnicas de genotipagem Fungos Folhas de planta Cana-de-açúcar
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Dosagem alélica | expressão gênica diferencial | Genômica Funcional | Puccinia kuehnii | Genômica funcional

Resumo

Apesar da importância econômica da cana-de-açúcar para o Brasil e o estado de São Paulo, pouco se sabe a respeito do controle da expressão gênica nesta espécie. Sua complexa estrutura genômica dificulta o uso de técnicas desenvolvidas para aplicação em outras culturas. A cana-de-açúcar é um poliploide aneuploide, com evidências de auto e alopoliploidia no seu genoma, enquanto a maior parte destas técnicas foram desenvolvidas visando organismos diploides. Uma delas, utilizada em estudos de genômica funcional, é a análise de expressão diferencial. Esta análise tem como objetivo identificar diferenças nos níveis de expressão gênica entre amostras obtidas de condições experimentais contrastantes. Em poliploides, ela pode ser feita de maneira semelhante ao que é feito em diploides, mas com algumas particularidades. Nestes organismos, locos heterozigotos apresentam diversas possibilidades de dosagem alélica. Os alelos existem em determinada proporção, a qual, diferentemente do que ocorre em diploides, não é necessariamente 1:1. A expressão gênica diferencial pode, além de atuar na ativação ou desativação de genes específicos, promovera expressão de determinado alelo em detrimento dos outros (expressão preferencial de alelos, ou expressão alelo-específica). Portanto, a dosagem alélica em determinado sítio polimórfico deve ser levada em conta para a análise de expressão diferencial. Este trabalho busca encontrar evidências de expressão alelo-específica em folhas de cana infectadas por Puccinia kuehnii. Além disso, procura-se analisar as associações entre o nível de expressão alélica e a dosagem de alelos de SNPs. Para isso, serão empregados dados de RNA-Seq em amostras de 0, 12, 24, 48 horas, 5 e 12 dias após a inoculação com P. kuehnii do genótipo suscetível SP-1115. Os dados de dosagem alélica foram obtidos a partir de genotipagem-por-sequenciamento deste genótipo. (AU)