Comparação de estratégias de amostragem em estudos de expressão gênica diferencial

• Processo: 18/21345-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2018
• Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2020
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
• Pesquisador responsável: Gabriel Rodrigues Alves Margarido
• Beneficiário: Victor Hugo de Mello Pessoa
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 15/22993-7 - Transcriptômica para identificação de genes de interesse comercial em cana-de-açúcar, AP.BIOEN.JP
• Assunto(s): Expressão gênica diferencial Replicação do DNA Genômica funcional Biologia computacional Análise de sequência de RNA Cana-de-açúcar
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Brix | cana-de-açúcar | Genômica Funcional | replicação biológica | RNA-seq | Bioinformática

Resumo

A realização de estudos de expressão gênica diferencial requer replicação biológica dos grupos contrastantes, para que seja possível obter estimativas da variabilidade residual entre amostras do mesmo tratamento. Em muitas espécies vegetais, devido à possibilidade de realizar propagação vegetativa, esses estudos comumente fazem uso de réplicas clonais de um ou alguns poucos genótipos, de modo que as conclusões dos trabalhos ficam restritas apenas a um pequeno grupo de genótipos. Estratégias alternativas podem ser delineadas para obter estimativas de variabilidade residual em dois níveis: entre amostras de genótipos distintos representativos de um mesmo grupo experimental, ou entre amostras de um mesmo genótipo. Devido ao custo das tecnologias de sequenciamento, frequentemente não é viável realizar estudos em ambos os níveis, de modo que esforços para determinação do delineamento experimental mais apropriado são importantes. Especificamente para cana-de-açúcar, a variabilidade genética envolvida nos programas brasileiros de melhoramento genético, boa parte da qual está representada no Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar (PBGCA), ainda foi pouco explorada com relação às suas diferenças genômicas estruturais e à expressão de genes. Este plano de atividades visa à caracterização dos perfis transcricionais de diversos genótipos integrantes do PBGCA contrastantes quanto ao acúmulo de açúcar, de acordo com duas estratégias distintas de amostragem. Para tanto, dados de sequenciamento da presente pesquisa serão integrados aos obtidos dentro de um projeto CNPq Universal também sob responsabilidade do coordenador. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

VICTOR HUGO MELLO; ANA LETYCIA BASSO GARCIA; FERNANDO HENRIQUE CORRER; GUILHERME KENICHI HOSAKA; MONALISA SAMPAIO CARNEIRO; GABRIEL RODRIGUES ALVES MARGARIDO. Sampling strategies for sugarcane using either clonal replicates or diverse genotypes can bias the conclusions of RNA-Seq studies. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 46, n. 1, 2023-04-03. (18/21345-0, 15/22993-7)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

PESSOA, Victor Hugo de Mello. Dissecando padrões de expressão no transcriptoma de colmos imaturos de cana-de-açúcar: da metodologia à biologia. 2020. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALA/BC) Piracicaba.