Genômica computacional populacional: aplicações em análises evolutivas e de variabilidade populacional de nativos americanos

• Processo: 18/23480-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2021
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Tábita Hünemeier
• Beneficiário: MAIRA RIBEIRO RODRIGUES
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 15/26875-9 - Diversidade genômica dos nativos americanos, AP.JP
• Assunto(s): Biologia computacional Evolução humana Genômica Genética populacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Evolução | Nativos Americanos | variabilidade populacional | Bioinformática

Resumo

O presente projeto visa o sequenciamento de 65 genomas completos de indivíduos de populações nativo americanas e, através da aplicação de métodos computacionais avançados na análise desses genomas, desvendar a variabilidade genômica total dessas populações, estabelecer os processos evolutivos envolvidos na geração e manutenção dessa diversidade e auxiliar na criação de métodos de alta-fidelidade para estudos clínicos envolvendo populações miscigenadas e nativo americanas. No que se refere ao aspecto clínico, a importância desde projeto vem do fato de plataformas convencionais de varredura genômica não serem adequadas para ensaios em populações que apresentem grande componente nativo americano, como é o caso de países como México, Peru e algumas regiões do Brasil. Por isso, um objetivo específico é desenhar uma plataforma de SNPs adequada para estudos em populações Nativo Americanas e mestiças da América. Metodologias de gerenciamento e armazenamento de dados em larga escala serão utilizadas para o desenvolvimento de pipelines computacionais para manipulação e edição dos dados brutos. Métodos computacionais avançados serão utilizados para executar análises e testar hipóteses sobre as informações geradas de forma eficiente e otimizada. Por último, todas as fases do projeto, desde a manipulação de dados brutos até o processamento de hipóteses, contarão com estratégias de documentação e padronização de todos os processos analíticos e de preparação de dados, de forma a garantir a coerência e a reprodutibilidade das análises.