Estudo de associação genômica ampla para resistência a Aeromonas hydrophila em tambaqui (Colossoma macropomum)

• Processo: 19/10662-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2019
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Recursos Pesqueiros e Engenharia de Pesca - Aquicultura
• Pesquisador responsável: Diogo Teruo Hashimoto
• Beneficiário: Raquel Belini Ariede
• Supervisor: Jose Manuel Yanez
• Instituição Sede: Centro de Aquicultura (CAUNESP). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Universidad de Chile, Chile
• Vinculado à bolsa: 17/19717-3 - Análises genômicas para associação de SNPs com resistência a Aeromonas hydrophila e rendimento de filé no tambaqui (Colossoma macropomum), BP.DR
• Assunto(s): Locos de características quantitativas Resistência à doença Estudo de associação genômica ampla Melhoramento animal Genética de peixes
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Gwas | melhoramento animal | Qtl | resistência a doenças | Genética de peixes

Resumo

Aeromonas hydrophila é uma bactéria gram-negativa considerada um patógeno nocivo à saúde humana e para peixes de ambientes de água doce. No Brasil, a aeromoniose provoca altas taxas de mortalidade em várias espécies de peixes, incluindo o tambaqui (Colossoma macropomum). Este estudo tem como objetivo realizar um estudo de associação genômica ampla para resistência a A. hydrophila em tambaqui. Os objetivos específicos são: 1) desenvolver um denso mapa de ligação utilizando dados de ddRAD-seq (sequenciamento de DNA associado a sítios de restrição de dupla digestão) em tambaqui; 2) caracterizar regiões genômicas de QTL (locus de características quantitativas) associadas à resistência a A. hydrophila em tambaqui. O sequenciamento/genotipagem por ddRAD-seq será caracterizado em 18 famílias de tambaqui desafiadas com A. hydrophila, o que permitirá avaliar milhares de SNPs (single nucleotide polymorphisms). As características avaliadas para resistência a doença serão taxa de sobrevivência e tempo de morte. Inicialmente, um mapa de ligação de densidade média (~ 15K SNPs) será construído para o tambaqui, que servirá para análises posteriores da associação genômica. Em seguida, modelos estatísticos para associação SNP/características serão aplicados para realizar estudos de associação genômica ampla e detectar QTLs. Os SNPs que tiverem associação significativa serão anotados funcionalmente por comparações com genomas de espécies próximas. O resultado esperado é gerar um avanço significativo para estudos de melhoramento em peixes nativos, particularmente para um melhor entendimento das regiões genômicas associadas a características de resistência a doenças. O impacto potencial deste estudo é viabilizar tecnologias para a produção de peixes melhorados para a indústria da aquicultura.

Publicações científicas

(4)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

ARIEDE, RAQUEL B.; FREITAS, MILENA, V; LIRA, LIESCHEN V. G.; AGUDELO, JOHN F. G.; BORGES, CAROLINA H. S.; MASTROCHIRICO-FILHO, VITO A.; CACERES, PABLO; YANEZ, JOSE M.; HASHIMOTO, DIOGO T.. Linkage map for chromosome-level genome anchoring and genome-wide association study for resistance to Aeromonas hydrophila in Colossoma macropomum. Aquaculture, v. 560, p. 11-pg., 2022-06-11. (17/19717-3, 19/10662-7, 18/08416-5)

ARIEDE, RAQUEL B.; FREITAS, V, MILENA; AGUDELO, JOHN F. G.; BORGES, CAROLINA H. S.; LIRA, LIESCHEN V. G.; YOSHIDA, GRAZYELLA M.; PILARSKI, FABIANA; YANEZ, JOSE M.; HASHIMOTO, DIOGO T.. Genetic (co)variation between resistance to Aeromonas hydrophila and growth in tambaqui (Colossoma macropomum). Aquaculture, v. 523, JUN 30 2020. (18/08416-5, 17/19717-3, 19/10662-7)

MASTROCHIRICO-FILHO, VITO A.; ARIEDE, RAQUEL B.; FREITAS, V, MILENA; BORGES, CAROLINA H. S.; LIRA, LIESCHEN V. G.; MENDES, NATALIA J.; AGUDELO, JOHN F. G.; CACERES, PABLO; BERROCAL, MILTHON H. M.; SUCERQUIA, GUSTAVO A. L.; et al. Development of a multi-species SNP array for serrasalmid fish Colossoma macropomum and Piaractus mesopotamicus. SCIENTIFIC REPORTS, v. 11, n. 1, SEP 29 2021. (16/21011-9, 17/26900-9, 20/11049-4, 16/18294-9, 18/08416-5, 17/19717-3, 19/10662-7, 19/08972-8)

ARIEDE, RAQUEL B.; LEMOS, CELMA G.; BATISTA, FABRICIO M.; OLIVEIRA, RUBENS R.; AGUDELO, JOHN F. G.; BORGES, CAROLINA H. S.; IOPE, ROGERIO L.; ALMEIDA, FERNANDA L. O.; BREGA, JOSE R. F.; HASHIMOTO, DIOGO T.. Computer vision system using deep learning to predict rib and loin yield in the fish Colossoma macropomum. ANIMAL GENETICS, v. 54, n. 3, p. 14-pg., 2023-02-09. (17/19717-3, 18/08416-5, 19/10662-7)