Implementação do serviço de proteômica baseada em espectrometria de massas no FoRC

• Processo: 19/27707-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2020
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2022
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Ciência e Tecnologia de Alimentos - Ciência de Alimentos
• Pesquisador responsável: Bernadette Dora Gombossy de Melo Franco
• Beneficiário: Vanessa Sofia Mendes Geraldes
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas (FCF). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 13/07914-8 - FoRC - Centro de Pesquisa em Alimentos, AP.CEPID
• Assunto(s): Processamento de dados Proteômica Mineração de dados
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Análise de proteínas | data mining | Mascot | Processamento de Dados | proteômica | Proteomics | Proteômica

Resumo

Este plano de trabalho resume-se na viabilização do processamento de dados brutos oriundos das análises dos serviços relacionados a técnica de proteômica e metabolômica por meio de cromatografia líquida e espectrometria de massas, inicialmente aos pesquisadores que fazem parte do FoRC e posteriormente aos demais pesquisadores internos e externos à comunidade USP. O planejamento adequado antes do início dos experimentos por espectrometria de massas em estudos de metabolômica e proteômica é fundamental para evitar equívocos durante as comparações. No pós-análises, da mesma forma, o alinhamento e processamento dos resultados antes das comparações também é etapa crucial no processo e interpretação final dos experimentos. Para isso, se faz necessária a utilização de ferramentas estatísticas e de tratamento das informações geradas pelos equipamentos por meio de softwares adquiridos junto aos equipamentos, bem como os disponíveis em opensource, e workflow adequados onde o papel de um analista especialista em tecnologia de informação, principalmente em cromatografia e espectrometria de massas, é de suma importância. Além dos processos mencionados pré e pós-análises, também utilizaremos os resultados para posterior integração com os dados gerados em outras plataformas como genômica e transcriptômica.

Publicações científicas

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(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DEXTRO, RAFAEL B.; DELBAJE, ENDREWS; FREITAS, PALOMA N. N.; GERALDES, VANESSA; PINTO, ERNANI; LONG, PAUL F.; FIORE, MARLI F.. Environmental adaptations by the intertidal Antarctic cyanobacterium Halotia branconii CENA392 as revealed using long-read genome sequencing. LIMNOLOGY AND OCEANOGRAPHY LETTERS, v. 8, n. 5, p. 11-pg., 2023-06-20. (13/07914-8, 16/14227-5, 21/00149-0, 19/27707-3)

URREA-VICTORIA, VANESSA; GERALDES, VANESSA; PINTO, ERNANI; CASTELLANOS, LEONARDO. Photosynthetic pigments and photoprotective metabolites of Colombian pacific marine macroalgae in response to contrasting ultraviolet-index periods. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, v. 564, p. 9-pg., 2023-04-05. (19/27707-3)

GERALDES, VANESSA; PINTO, ERNANI. Mycosporine-Like Amino Acids (MAAs): Biology, Chemistry and Identification Features. PHARMACEUTICALS, v. 14, n. 1, JAN 2021. (19/27707-3, 13/07914-8)

JACINAVICIUS, FERNANDA R.; GERALDES, VANESSA; FERNANDES, KELLY; CRNKOVIC, CAMILA M.; GAMA, WATSON A.; PINTO, ERNANI. Toxicological effects of cyanobacterial metabolites on zebrafish larval development. HARMFUL ALGAE, v. 125, p. 16-pg., 2023-03-31. (20/07710-7, 19/27707-3, 21/00149-0, 13/07914-8)