Desenvolvimento e integração de ferramentas computacionais para a análise de transcriptoma de espécies de Piper

• Processo: 20/03791-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2020
• Data de Término da vigência: 02 de novembro de 2020
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Acordo de Cooperação: NSF - Dimensions of Biodiversity e BIOTA
• Pesquisador responsável: Eny Iochevet Segal Floh
• Beneficiário: Amanda Rusiska Piovezani
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 14/50316-7 - Dimensões US-BIOTA São Paulo: diversidade de interações multi-tróficas quimicamente mediadas em gradientes nos trópicos, AP.BTA.TEM
• Assunto(s): Transcriptoma Interação planta-inseto Piper Análise estatística de dados Banco de dados
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: defesa química | Ontogenia | Transcriptoma | Vias Metabólicas | Transcriptoma

Resumo

Piper é um gênero de distribuição Pantropical com importância econômica e ecológica dentro da família Piperaceae. Durante ontogenia de espécies de Piper foi observado grande variabilidade química, por exemplo, a variação de apiol e dilapiol entre plântulas e folhas de indivíduos adultos de Piper gaudichaudianum. Além disso, foi verificada a presença de neolignanas di-hidrobenzofurânicas e lignanas tetraidrofurânicas em folhas de indivíduos P. regnellii e P. solmsianum. Tais compostos em plântulas podem estar envolvidos em interações plantas-inseto-parasitoide, entretanto ainda há grande lacuna no entendimento da diversidade de interações tróficas mediadas quimicamente. Uma das propostas do projeto temático é a descrição dos fenômenos envolvidos na ontogenia através da análise química bem como do estudo do transcriptoma para algumas espécies de Piper. Assim, pretende caracterizar os genes e as vias metabólicas diferencialmente envolvidos no processo de ontogenia através de RNA-seq. Nesta técnica um imenso volume de dados são gerados e a prospecção dos transcritos requer ferramentas computacionais robustas, de alta performance e que preferencialmente sejam processadas em paralelo. A análise estatística coerente dos dados e a eficiência dos algoritmos desenvolvidos para execução dessas análises são críticos para a interpretação apropriada. Será desenvolvido um banco de dados local para armazenar os resultados a serem utilizados em estudos posteriores. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DE OLIVEIRA, LEANDRO FRANCISCO; PIOVEZANI, AMANDA RUSISKA; IVANOV, DIMITRE A.; YOSHIDA, LEONARDO; SEGAL FLOH, ENY IOCHEVET; KATO, MASSUO JORGE. Selection and validation of reference genes for measuring gene expression in Piper species at different life stages using RT-qPCR analysis. Plant Physiology and Biochemistry, v. 171, p. 12-pg., 2022-01-07. (18/08215-0, 15/26961-2, 20/03791-2)