Análise computacional comparativa de antígenos leucocitários humanos e suínos (HLA/SLA) e suas implicações em xenotransplantes

• Processo: 20/08726-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2020
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2022
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação
• Pesquisador responsável: Jorge Elias Kalil Filho
• Beneficiário: Deibs Barbosa
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Empresa: Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina (FM)
• CNAE: Atividades de atenção à saúde humana não especificadas anteriormente
• CNAE: Atividades de atenção à saúde humana não especificadas anteriormente
• Vinculado ao auxílio: 18/14275-5 - Produção nacional de suínos geneticamente modificados voltados para o xenotransplante de órgãos em humanos, AP.PITE
• Assunto(s): Biologia computacional Antígenos HLA Suínos Transplantes
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Hla | Sla | Suínos | xenotransplante | Bioinformática

Resumo

O Brasil possui um extenso sistema de realização de transplantes de órgãos sólidos, ocupando o segundo lugar em número absoluto de procedimentos. Contudo, háum aumento de demanda por transplantes. Nesse contexto, o xenotransplante (transplante realizado entre espécies distintas) surge como alternativa e entre os potenciais doadores animais estão os suínos (Sus scrofa). Objetivo: o projeto propõe analisar, por uma abordagem computacional, repertórios de alelos de antígenos leucocitários HLA/SLA, avaliando sua diversidade e esclarecendo as possíveis implicações no sucesso de xenotransplantes. Metódos: as reads provenientes do sequenciamento dos amplicons de genes de antígenos leucocitários serão pré processadas descartando as sequências de baixa qualidade. As reads selecionadas serão alinhadas ao genoma-referência humano ou suíno e a partir desse mapeamento serão identificados os diferentes haplótipos e comparados com genes depositados no banco de dados IPD-IMGT/HLA. Uma reconstrução filogenética será executada a partir do alinhamento múltiplo das sequências de DNA dos alelos de cada gene. As sequências de aminoácidos dos alelos pertencentes ao mesmo grupo serão utilizadas para buscar as regiões epitópicas comuns, incluindo os resíduos polimórficos. Resultados esperados: com a conclusão do projeto, espera-se um pipeline acurado e com alta reprodutibilidade para genotipagem de genes HLA/SLA por sequenciamento NGS, além de uma lista de alelos HLA/SLA com epítopos comuns. (AU)