Detecção e quantificação de long non-coding RNA e elementos de transposição em experimento piloto da interação cana e Xanthomonas albilineans

• Processo: 20/11630-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2020
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2021
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Marie-Anne Van Sluys
• Beneficiário: Joel Nunes Leite Junior
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 16/17545-8 - Contribuição de genes, genomas e elementos de transposição na interação entre plantas e micro-organismos: estudo de caso em cana-de-açúcar, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Biologia molecular Cana-de-açúcar Escaldadura da folha Xanthomonas Elementos de DNA transponíveis Expressão gênica RNA longo não codificante
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cana de Açúcar | elementos de transposição | escaldadura de folhas | transcritos não codificantes | Xanthomonas | Biologia molecular

Resumo

A escaldadura das folhas causada por X. albilineans é uma das principais doenças bacterianas que afetam a cana-de-açúcar. Trata-se de doença sistêmica cuja transmissão se dá por instrumentos de corte contaminados e cujos sintomas principais são a clorose das folhas. Dependendo da variedade infectada é possível observar também zonas necróticas, vermelhidão vascular e a formação de cavidades nos colmos infectados. A fase crônica caracteriza-se pela produção de brotamentos laterais, evoluindo para o rápido murchamento e morte da planta. Em final de 2019, o sequenciamento de um experimento piloto da interação de uma variedade de cana susceptível inoculada com X. albilineans foi realizado e um total de 336 milhões de leituras (após a curagem) não foram mapeados no genoma das espécies em estudo. Pretende-se utilizar duas estratégias descritas em artigos recentes (Wang et al, 2017 e Ito et al, 2018) com o objetivo de verificar quantas leituras não mapeados correspondem a mensageiros de RNA não codificantes. A estratégia de sequenciamento é de RNA total e não apenas o sequenciamento da fração de mRNA visto que o interesse do grupo é identificar nas mesmas amostras a expressão de genes de cana de açúcar como também das bactérias em estudo. Os resultados obtidos e o pipeline contribuirão para o projeto temático (FAPESP 2016/17545-8)