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Metagenômica da região V2-V3 do rDNA 16s para identificação de microrganismos patogênicos em mastite bovina

Processo: 20/15154-7
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de fevereiro de 2021
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2021
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia
Pesquisador responsável:Luiz Lehmann Coutinho
Beneficiário:Giovanna Silva Sartori
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Assunto(s):Biotecnologia   Biologia computacional   Mastite bovina   DNA ribossômico   Metagenômica   Reação em cadeia por polimerase (PCR)   Análise de sequência de RNA   Bovinos leiteiros

Resumo

A produtividade do leite é influenciada por diversos fatores, incluindo a saúde do animal, onde nesse caso, a mastite destaca-se como a principal fonte de perda na produção. A mastite é uma inflamação da glândula mamária bovina e é considerada um dos principais problemas relacionados a prejuízos financeiros e perdas de produção de leite, tornando a matéria prima de baixa qualidade, afetando diretamente a indústria alimentícia e o consumidor final. A forma padrão para identificação de microrganismos patogênicos causadores da mastite é por meio de cultura; porém, atualmente tem-se utilizado tecnologias moleculares que podem fornecer resultados mais rápidos e precisos. A biologia molecular e em particular a genômica contribui identificando muitos microrganismos de uma só vez e de maneira independente do cultivo. Estudos utilizam o gene 16S para determinar quais microrganismos estão presentes em determinadas amostras, combinando as variantes da sequência 16S ao referenciar bancos de dados como SILVA. Mas, ao utilizar esse gene, há uma limitação para alguns gêneros de microrganismos, onde não é possível chegar ao nível de espécie com o sequenciamento de uma única região como a V4, impossibilitando a identificação em nível de espécie de todos os importantes patógenos causadores da mastite bovina. O objetivo deste trabalho portanto, é testar se uma região (V2-V3) do gene 16S classifica melhor os patógenos causadores de mastite em bovinos leiteiros, do que as regiões mais conhecidas e empregadas atualmente V3-V4 e V4. Para esta finalidade serão utilizadas reações de PCR, para amplificar a região V2-V3 do gene 16S do rDNA de amostras de leite e em seguida será feito o sequenciamento e análise bioinformática. Os resultados serão comparados com o sequenciamento já realizado para as mesmas amostras, mas usando a região V4. (AU)