Avaliação do sequenciamento do genoma total para diagnóstico da tuberculose resistente em pacientes do estado de São Paulo

• Processo: 22/05493-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2022
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: Lucilaine Ferrazoli
• Beneficiário: Debora Pereira dos Santos
• Instituição Sede: Instituto Adolfo Lutz (IAL). Coordenadoria de Controle de Doenças (CCD). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 20/12585-7 - Avaliação do sequenciamento do genoma total para diagnóstico da tuberculose resistente em pacientes do estado de São Paulo, AP.PP
• Assunto(s): Farmacorresistência bacteriana Sequenciamento completo do genoma Tratamento Tuberculose
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Diagnstico | Resistência Bacteriana a Fármacos | Sequenciamento Completo do Genoma | Tratamento | Tuberculose | Tuberculose Multidroga Resistente | Tuberculose

Resumo

A tuberculose (TB) permanece como importante problema em saúde pública. De grande preocupação, é o aumento dos casos da TB resistente e a reduzida opção terapêutica para seu tratamento. No Brasil, em 2018 foram notificados 1.119 pacientes com TB resistente a rifampicina (TBRR) ou a rifampicina e isoniazida (TBMR). Do total de casos notificados como TBRR/MR apenas 141 (12,6%) foram testados para fármacos de segunda linha. O teste de sensibilidade aos fármacos (TS) pode ser feito utilizando testes fenotípicos e/ou moleculares. Os TS fenotípicos são trabalhosos e o tempo para obtenção da resposta é longo e os testes moleculares detectam um número reduzido de mutações associadas à resistência. O Sequenciamento do Genoma Total (SGT) tem demonstrado ser uma ferramenta poderosa para determinação da resistência aos fármacos do complexo Mycobacterium tuberculosis (CMTB). O objetivo deste estudo será o de avaliar o SGT para detecção de resistência aos fármacos utilizados para tratamento da TB, desenvolvimento de uma pipeline para análise de mutações e um laudo de resultados. Serão analisados prospectivamente, por um ano, isolados de CMTB de pacientes TBRR/MR do estado de São Paulo recebidos no Instituo Adolfo Lutz. Os isolados serão submetidos ao SGT e aos TS fenotípicos por MGIT960. Para a análise genômica, os contigs serão submetidas à detecção de resistência na plataforma online PhyResSE. Para acomodar a necessidade de se detectar resistência a fármacos não incluídos nesta plataforma, será desenvolvida uma pipeline de detecção de resistência aos fármacos de primeira e segunda linha. Será elaborado um modelo de laudo para liberação dos resultados. Para cada fármaco, será calculado a sensibilidade, a especificidade e os valores preditivos positivos e negativos do SGT considerando TS fenotipico como padrão ouro.