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Predição funcional de longos RNAs não-codificadores utilizando dados de transcriptoma na caquexia associada ao câncer

Processo: 22/06775-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de outubro de 2022
Vigência (Término): 31 de março de 2026
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Robson Francisco Carvalho
Beneficiário:Amanda Piveta Schnepper
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Assunto(s):Caquexia   Transcriptoma
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Caquexia associada ao câncer | Co-expressão | long non-coding RNAs | Transcriptoma | Caquexia associada ao câncer

Resumo

A caquexia associada ao câncer é uma síndrome caracterizada pela perda involuntária de peso, principalmente devido à perda de massa muscular. É uma síndrome metabólica multifatorial associada a tipos específicos de tumores, mas as causas da variação na prevalência e gravidade da caquexia ainda são desconhecidas. O sequenciamento de RNA (RNA-Seq) revolucionou os estudos transcriptômicos e possibilitou uma melhor compreensão de mecanismos associados à perda da massa muscular nessa condição. Porém, a etiologia da atrofia muscular na caquexia do câncer envolve complexos mecanismos celulares e moleculares que ainda precisam ser completamente elucidados. Os longos RNAs não-codificadores (lncRNAs) constituem uma classe de RNAs que atuam por diferentes mecanismos na regulação transcricional e pós-transcricional. Nesse contexto, os lncRNAs são potenciais candidatos a reguladores de vias relacionadas a atrofia muscular, devido a sua ampla atuação nas células musculares. O objetivo do presente projeto é identificar, caracterizar e predizer a função de lncRNAs potencialmente associados à atrofia muscular na caquexia associada ao câncer. Inicialmente, serão selecionados dados públicos de transcriptoma (RNA-Seq) de tecido muscular em camundongos e humanos com caquexia associada ao câncer, disponíveis publicamente no GEO (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) e no ENA (https://www.ebi.ac.uk/ena/). Posteriormente, será analisado o perfil transcricional dos lncRNAs para cada conjunto de dados de RNA-Seq, e os potenciais mecanismos de ação de lncRNAs selecionados serão identificados a partir de análises de co-expressão IncRNA-mRNA e de interação IncRNA-proteína e IncRNA-DNA. Finalmente, para estudos funcionais utilizando-se células C2C12, serão selecionados lncRNAs expressos em células musculares esqueléticas, utilizando-se dados disponíveis no Single-Cell Muscle Project (http://scmuscle.bme.cornell.edu/). Nosso estudo visa identificar lncRNAs em redes de regulação e vias moleculares envolvidas na perda de massa muscular. Adicionalmente, nossos resultados podem indicar potenciais alvos para o desenvolvimento de futuras estratégias terapêuticas visando à minimização da perda de massa muscular de pacientes com caquexia associada ao câncer.

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