Análise de mecanismos de regulação alelo-específicos a partir de dados de RNA-seq, ATAC-seq e ChIP-seq em músculo bovino

• Processo: 22/12631-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2023
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Luciana Correia de Almeida Regitano
• Beneficiário: Jennifer Jessica Bruscadin
• Supervisor: Huaijun Zhou
• Instituição Sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of California, Davis (UC Davis), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 20/01369-1 - Identificação de variantes com potencial regulador sobre características de qualidade de carne de gado Nelore, BP.DR
• Assunto(s): Biologia computacional Epigenômica Gado Nelore
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Ase | epigenética | mecanismos de regulação | Nelore | Bioinformática

Resumo

Iniciativas internacionais têm sido conduzidas para entender a relação entre o genoma e o fenótipo. A Anotação Funcional de Genomas Animais (FAANG) é um consórcio que trabalha para descobrir o conhecimento básico da função do genoma. Esta iniciativa gerou dados de epigenética e expressão de vários tecidos e espécies que permitem a identificação de elementos reguladores. A expressão alelo-específica (ASE) resulta da regulação cis e modulação epigenética em apenas um haplótipo, desencadeando diferenças na expressão gênica e no fenótipo. Anteriormente, identificamos 38 mil ASE SNPs em bovinos Nelore e milhares de variantes cis-reguladoras putativas. Em um segundo estudo, mostramos que para cerca de 1400 ASE SNPs, o desequilíbrio alélico foi tendencioso para fenótipos relacionados ao músculo (SNPs DASE). Essas variantes foram sobrepostas aos dados do consórcio FAANG, apontando que uma abordagem dependente de alelo pode ajudar a entender a regulação epigenética em cada alelo. Assim, neste Projeto de Estágio no Exterior, pretendemos identificar ASE SNPs a partir dos dados de RNA-seq do FAANG para compará-los com ASE e DASE SNPs obtidos em bovinos Nelore. Depois disso, buscaremos regiões de acessibilidade de cromatina alelo-específicas, modificações de histonas alelo-específicas e ligação de fatores de transcrição alelo-específicas a partir desses dados para identificar potenciais mecanismos regulatórios que afetam a transcrição de genes contendo ASE SNPs sobrepostos nesses dois experimentos. Nossa hipótese é que podemos selecionar regiões a serem investigadas e aplicadas em programas de melhoramento e ampliar o conhecimento sobre a maquinaria regulatória que afeta genes relevantes para importantes características econômicas. (AU)