Um pipeline de metatranscriptômica para investigar interações micróbio-hospedeiro em amostras de baixa biomassa: um estudo de caso em biópsias líquidas de pacientes com câncer de próstata

• Processo: 23/03951-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2023
• Data de Término da vigência: 29 de junho de 2024
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Helder Takashi Imoto Nakaya
• Beneficiário: Ícaro Maia Santos de Castro
• Supervisor: Nicola Segata
• Instituição Sede: Centro de Inovação da USP (INOVA). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Universitá degli Studi di Trento, Itália
• Vinculado à bolsa: 20/05284-0 - Interação de microrganismos e hospedeiros humanos associados ao desfecho clínico de pacientes com doenças infecciosas, BP.DD
• Assunto(s): Biologia computacional Biópsia líquida Neoplasias da próstata Metatranscriptômica Microbiota
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Biópsia líquida | Câncer de Próstata | Interação micróbio-hospedeiro | metatranscriptômica | microbioma humano | Biologia Computacional

Resumo

O microbioma humano vem sido amplamente estudado nos últimos anos devido ao seu envolvimento tanto na saúde quanto no desenvolvimento de doenças. Estudos recentes demonstraram que alguns micróbios podem desempenhar um papel importante na ocorrência, progressão e prognóstico do câncer de próstata (CaP). No entanto, o impacto dos micróbios no desenvolvimento da doença permanece complexo e requer mais investigação. Atualmente, o RNA-Seq tornou-se a principal tecnologia de sequenciamento de alto rendimento para entender a resposta imune em doenças humanas. Embora a maioria dos estudos de transcriptômica humana se concentre exclusivamente na expressão de genes humanos, resultando na exclusão de leituras não alinhadas ao genoma humano durante o processo de alinhamento de leitura. No entanto, essas leituras desalinhadas contêm informações valiosas sobre a presença microbiana no tecido sem a necessidade de abordagens adicionais de sequenciamento direcionado. Neste projeto, introduzimos uma novo pipeline de bioinformática que avalia simultaneamente o transcriptoma do hospedeiro e a composição microbiana. Isso permitirá a caracterização das interações hospedeiro-micróbio no PCa. Em seguida, avaliaremos nosso método em comparação com ferramentas já existentes na literatura e o aplicaremos a amostras de biópsia líquida de pacientes com câncer de próstata. Nossa abordagem pode contribuir para identificar potenciais micróbios relacionados à progressão da doença e gerar novas hipóteses acerca das interações micróbio-hospedeiro no contexto de câncer de próstata. (AU)