Gerenciamento e Implementação de novas ferramentas para a plataforma CeTICSDB.

• Processo: 23/12213-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2023
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2024
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Hugo Aguirre Armelin
• Beneficiário: Wesley Freitas Mantovani
• Instituição Sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 13/07467-1 - CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular, AP.CEPID
• Assunto(s): Biologia computacional Proteoma Python Transcriptoma
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Django | Organismos Venenosos | Plataforma Web | Proteoma | Python | Transcriptoma | Bioinformática

Resumo

A bioinformática é um campo em expansão que requer ferramentas computacionais de alto desempenho para análise e integração entre bancos de dados biológicos como Gene Ontology, Vias Metabólicas (Reactome), Vias de Sinalização e regulações (SignaLink), entre outros . O projeto CeTICS tem um dos objetivos entender o comportamento dos sistemas biológicos baseado em análises de modelos matemáticos de vias de sinalização e dados de larga escala de expressão de genes e proteínas por RNA-seq e Espectrometria de massas, incluindo pesquisas em diversas áreas para estudar mecanismos bioquímicos, moleculares e celulares de toxinas que tem potencial terapêutico.O projeto CeTICS possui uma plataforma de repositório e disponibilização de dados de transcriptômica e proteômica, a qual pode armazenar e disponibilizar resultados obtidos porsequenciamentos de transcriptomas e proteomas de organismos venenosos entre outros. A plataforma permitir acesso e análises de expressão gênica e de proteínas, além da disponibilização de ferramentas e acesso a colaboradores e comunidade científica geral, pretende-se desenvolver novas ferramentas para a análise e integração dos dados -ômicos e bancos de vias metabólicas e de sinalização que poderão ser acessadas por meio da interface web desenvolvida pelo grupo (http://cetics.butantan.gov.br/ceticsdb/).O bolsista estará envolvido no gerenciamento da plataforma, no desenvolvimento de novas ferramentas e abordagens para processamento, e análise dos dados provenientes de novas tecnologias produzindo grandes volumes de dados como Genômica, RNA-seq e Proteômica. Pretendemos incorporar abordagens de mineração de texto, buscando por agentes mitogênicos e vias mitigadoras de stresse celular que possam se relacionadas a mecanismos de reposta a divisão, dano ou reparo do DNA e resposta ao Câncer.