Informação multi-ômica do genoma estrutural e funcional do Nelore

• Processo: 23/18079-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Luciana Correia de Almeida Regitano
• Beneficiário: Gabriel Alexander Colmenarez Pena
• Instituição Sede: Embrapa Pecuária Sudeste. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA). Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Brasil). São Carlos , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 19/04089-2 - O Hologenoma de Nelore: implicações na qualidade de carne e em eficiência alimentar, AP.ESCIENCE.TEM
• Assunto(s): Expressão Genes Locos de características quantitativas Regulação Polimorfismo de um único nucleotídeo Genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: eQTL | expressão | genes | Qtl | Regulação | SNPs | genômica

Resumo

O software Machado (https://github.com/lmb-embrapa/machado) foi desenvolvido utilizando o framework Django (https://www.djangoproject.com) para criar um modelo objeto-relacional do banco de dados Chado (Mungall et al, 2007). Posteriormente, o software foi expandido com um conjunto de ferramentas de carregamento de dados capazes de lidar com alguns formatos-chave de dados bioinformáticos, como OBO, Fasta, GFF, blast-xml e interproscan-xml. Resultados de dois estudos multi-ômicos foram produzidos pela equipe de pesquisa nos projetos temáticos "Base molecular da qualidade da carne em bovinos Nelore (2012/23638-8)" e "O hologenoma Nelore: implicações na qualidade da carne e eficiência alimentar (2019/04089-2)". Os resultados incluem regiões genômicas, SNPs e CNVs associados a mais de 30 fenótipos, incluindo produção e qualidade da carne, eficiência alimentar, consumo de água e características de emissão de metano, bem como genes diferencialmente expressos, miRNAs e proteínas, locos de expressão, SNPs com expressão alélica específica, locos de expressão alélica específica e muitas outras informações genômicas funcionais relacionadas a esses fenótipos. Os resultados foram publicados em mais de 40 manuscritos e a maioria dos dados brutos foi depositada em bancos de dados públicos, tornando o processo de acesso e organização trabalhoso. Além disso, há muitos resultados colaterais que não foram incluídos nas publicações, mas ainda são úteis para a integração de dados.