Varredura do genoma para regiões de distorção da taxa de transmissão e suas associações com aborto, natimorto e mortalidade pré-desmame em bovinos Nelore

• Processo: 24/01909-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante
• Beneficiário: Gustavo Roberto Dias Rodrigues
• Supervisor: Luiz Fernando Brito
• Instituição Sede: Instituto de Zootecnia. Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA). Secretaria de Agricultura e Abastecimento (São Paulo - Estado). Nova Odessa , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Purdue University, Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 23/11176-4 - Mapeamento de candidatos a haplótipos letais e regiões genômicas associadas a ocorrência de aborto e mortalidade pré-desmame em bovinos da raça Nelore, BP.MS
• Assunto(s): Inferência bayesiana
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Ineficiência reprodutiva | Inferência Bayesiana | Regiões genômicas letais | Transmission Ratio Distortion regions; Genomic analysis

Resumo

A taxa reprodutiva e a sobrevivência dos bezerros estão diretamente relacionadas com a lucratividade e a sustentabilidade a longo prazo da pecuária de corte. Uma compreensão aprimorada do contexto genômico associado a taxa reprodutiva e a sobrevivência dos bezerros é essencial para otimizar a seleção genética dessas características. Os principais objetivos deste projeto de pesquisa são i) identificar regiões de Distorção da Taxa de Transmissão (TRD) no genoma de bovinos Nelore que possam conter alelos letais e/ou variantes genéticas deletérias; e ii) investigar os efeitos das regiões TRD sobre o aborto, natimortos e mortalidade pré-desmame em bovinos Nelore. Dados do Instituto de Zootecnia (IZ, Sertãozinho/SP) serão utilizados para este estudo. O conjunto de dados genômicos compreende 3.226 animais genotipados, incluindo 1.741 machos e 1.485 fêmeas, correspondendo a 1.779 trios e 4.607 pares únicos progenitores/progênies. Um total de 780 animais foram genotipados com um painel HD SNP (~770k marcadores SNP) e 2.446 animais foram genotipados com painéis SNP de média densidade (50k e 75k marcadores SNP). Os animais genotipados com os painéis de menor densidade foram imputados ao painel HD utilizando o software FImpute v.3, resultando em 612.154 marcadores SNP autossômicos para a análise de TRD. Os registros fenotípicos de aborto, natimorto e mortalidade pré-desmame foram medidos a partir de 5.105 registros reprodutivos. Serão consideradas duas abordagens para a identificação de regiões TRD: i) parametrização alélica do TRD; e ii) parametrização genotípica do TRD. A identificação das TRD será realizada dentro de uma estrutura bayesiana utilizando o software TRDscan v.2.0. Os efeitos das regiões TRD sobre o aborto, natimortos e mortalidade pré-desmame serão avaliados com base em um modelo animal via inferência bayesiana, considerando os efeitos sistemáticos do ano da estação de monta, linha de seleção e idade da vaca na estação de monta com efeitos lineares e quadráticos como efeitos covariáveis, além de aleatórios de genético aditivo, ambiente permanente, e genético aditivo obtido exclusivamente pelas regiões TRD. Os resultados obtidos fornecerão insights sobre as vantagens potenciais da incorporação de informações de TRD em programas de melhoramento animal com o objetivo de aumentar a eficiência reprodutiva na pecuária de corte brasileira.