Análise de bioinformática de dados de RNASeq e Nanopore de amostras das formas evolutivas de Leishmania

• Processo: 24/03874-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Parasitologia - Protozoologia de Parasitos
• Pesquisador responsável: Ana Claudia Trocoli Torrecilhas
• Beneficiário: Miguel Antonio do Nascimento Garcia
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 20/07870-4 - Mecanismos de adaptação de tripanossomatídeos ao hospedeiro através de controle da transcrição, síntese proteica e secreção de vesículas extracelulares, AP.TEM
• Assunto(s): Análise de sequência de RNA Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Formas evolutivas | nanopore | RNAseq | Bioinformática

Resumo

Como parte dos subprojetos 5 e 6 do Projeto temático, esse projeto tem como objetivo realizar as análises dos dados de RNASeq e de sequenciamento direto de RNA por Nanopore que foram gerados. As análises dos dados de RNASeq vão permitir avaliar os impactos na regulação da expressão gênica da acetilação proteica nos mutantes das lisinas desacetilases (DAC1-5) de Leishmania mexicana, evidenciando os genes que são mais ou menos afetados pela ação desse grupo de enzimas. Para realizar as análises, será desenvolvida uma pipeline para o processamento dos dados de sequenciamento e posteriores análises computacionais para geração de visualização de dados (DataViz).O projeto também atuará na análise de dados de sequenciamento direto de RNA por Nanopore, auxiliando nas ferramentas de pré processamento dos dados, como basecalling e alinhamento genômico das amostras, mas também nos pós processamento para identificar os genes relacionados a modificação ac4C e m6A das formas evolutivas de Leishmania.