Desenvolvimento de painel de diagnóstico de patógenos respiratórios utilizando PCR em tempo real com microfluídos (plataforma Biomark HD)

• Processo: 23/14279-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Pesquisa
• Data de Início da vigência: 16 de fevereiro de 2024
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: Ivana Barros de Campos
• Beneficiário: Ivana Barros de Campos
• Pesquisador Anfitrião: Daniela Mulari Ferreira
• Instituição Sede: Instituto Adolfo Lutz (IAL). São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Liverpool School of Tropical Medicine (LSTM), Inglaterra
• Assunto(s): Técnicas de genotipagem Técnicas de diagnóstico molecular Reação em cadeia da polimerase em tempo real SARS-CoV-2 Streptococcus pneumoniae Biologia molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Epidemiologic Surveillance | Genotyping | Molecular Diagnostic Techniques | PCR Real Time | SARS-CoV-2 | Streptococcus pneumoniae | Biologia Molecular

Resumo

A composição do microbioma da nasofaringe humana é muito complexa e conhecer suas interações é importante na prevenção de infecções bacterianas secundárias, que apresentam elevada mortalidade. Diversos fatores como composição genética humana e fatores ambientais afetam diretamente no microbioma, e conhecer seus constituintes é parte importante para o controle de patógenos que normalmente habitam a nasofaringe humana de maneira comensal, mas que podem causar infecções como otite, pneumonia, bacteremia ou meningite. A técnica de diagnóstico baseada na cultura de microrganismos é morosa, fornece resultados tardios, e frequentemente apresentar resultados falso-negativos. Por isso, outras metodologias independentes de cultura são importantes para conhecer a composição da microbiota da nasofaringe, assim como auxiliar no tratamento do paciente. A técnica de PCR (Polymerase chain reaction) tem alta especificidade, sensibilidade e fornece resultados rápidos, mas é limitada ao pequeno número de alvos a serem detectados por reação. Metodologias mais avançadas, como sequenciamento de nova geração, apresentam alto custo para sua aplicação na rotina de diagnóstico, além de não ser acessível para países de menor renda. Por isso, esse projeto visa à utilização da PCR com microfluídos através da plataforma Biomark HD, que se baseia na PCR em tempo real automatizada com nanolitros de reagentes e amostras. Como ela acontece individualmente em nanocompartimentos, com o mesmo volume aplicado em uma única reação de PCR, é possível realizar mais de 9.000 reações simultaneamente de acordo com a configuração do equipamento, diminuindo assim o custo da técnica e o tempo para obtenção dos resultados. Portanto, este estudo pretende aplicar essa metodologia para detecção de patógenos respiratórios que constituem a microbiota da nasofaringe humana para estudos de microbioma de menor custo e também talvez padronizar a referida metodologia para seu emprego no diagnóstico de doenças infecciosas do trato respiratório. (AU)