Técnicas para análise de transcriptomas

• Processo: 24/04946-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
• Pesquisador responsável: João Meidanis
• Beneficiário: Artur de Miranda Rodrigues
• Instituição Sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Expressão gênica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: enriquecimento de vias metabólicas | expressão gênica | Redução de dimensionalidade | Biologia computational

Resumo

Neste projeto de pesquisa, por meio da bioinformática, serão analisados dadoshumanos, a nível transcriptômico, para entender como, e quanto, as expressões de genesse alteram em indivíduos portadores de diferentes doenças. Temos comoobjetivo estudar os principais métodos usados em análises de transcriptomase experimentá-los em dados concretos. Para tanto, serão reexaminados conjuntos de dados que já foram objeto de outros artigos publicados, para que seja possível a comparação entre os nossos resultados e aqueles já divulgados, visando avaliar a eficiência de nosso aprendizado, podendo inlcusive agregar novas perspectivas sobre temas já estudados. Serão abordados dois tipos de dados, microarray e RNA-Sequencing. Por meio de bibliotecas como edgeR ou DESeq2, faremos um levantamento estatístico das leituras dos genes, para identificar quais deles estão diferencialmente expressos. Identificados tais genes, serão realizadas análises de enriquecimento gênico, GSEA, para agrupá-los segundo os processos biológicos dos quais fazem parte. Para viabilizar o estudo dos conjuntos de dados utilizados, serão aplicados algoritmos de redução de dimensionalidade, como PCA ou tSNE.