Determinação dos genes de virulência e resistência a antimicrobianos de Clostridioides difficile em potros por sequenciamento de genoma completo

• Processo: 24/00964-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2024
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Clínica e Cirurgia Animal
• Pesquisador responsável: Alexandre Secorun Borges
• Beneficiário: Fabricio Moreira Cerri
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 25/02776-3 - Sequenciamento de Genoma Completo de isolados de Clostridioides difficile recuperados de equinos para determinação de fatores de virulência e genes de resistência antimicrobiana, BE.EP.DR
• Assunto(s): Diarreia Enterite Equinos Potros
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Diarréia | enterite | equinos | potros | Clínica Medica de Grandes Animais

Resumo

Clostridioides difficile é importante agente etiológico da diarreia em potros e se constitui em importante problema para outros animais e humanos. Esta bactéria anaerobica possui genes de virulência responsáveis pela sua toxigencidade, adesão, motilidade, esporulação e resistência à antimicrobianos. Existem poucos estudos que determinaram a importância desses para o desenvolvimento da diarreia em potros e a relação dos isolados com aquele obtidos de outros animais, humanos e meio ambiente. O objetivo deste projeto é realizar a determinação dos genes de virulência e resistência a antimicrobianos e nível de similaridade entre os isolados de C. difficile obtidos de potros (com e sem diarreia). As amostras utilizadas no projeto serão provenientes de um banco de amostras de fezes de potros (com e sem diarreia) e amostras de fezes a serem colhidas de potros de haras da região de Botucatu com histórico de diarreia e submetidas a isolamento de C. difficile. A colheita destas novas amostras ocorrerá até que a obtenção de 50 isolados toxigênicos estejam disponíveis para sequenciamento de genoma completo (SGC). O isolamento bacteriano será realizado a partir inoculação em meio não seletivo suplementado com tauracolato de sódio, seguido por choque com álcool e semeados em placas de ágar C. difficile Moxalactam Norfloxacin (CDMN) incubadas em condições de anaerobiose. Posteriormente, será extraído o DNA bacteriano das colônias de C. difficile. A multiplex PCR será realizada para detecção dos genes 16s RNA (constituinte), tcdA, tcdB, cdtA e cdtB, ribotipagem e teste de susceptibilidade a antimicrobiano. Serão preparadas bibliotecas de DNA para SGC (plataforma Illumina), montagem de contigs e determinação do MLST. Será realizada a determinação dos genes de virulência e resistência a antimicrobianos e alinhamento das sequências genética com isolados já descritos na literatura. Este projeto irá gerar dados que irão auxiliar na compreensão da epidemiologia do C. difficile em potros e sua importância na saúde única.