Análise de integração do perfil transcriptômico muscular e microbioma intestinal de suínos alimentados com dietas enriquecidas com ácido oleico

• Processo: 24/14334-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Fixação de Jovens Doutores
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Acordo de Cooperação: CNPq
• Pesquisador responsável: Aline Silva Mello Cesar
• Beneficiário: Bárbara Silva Vignato
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 24/02056-8 - Análise de integração do perfil transcriptômico muscular e microbioma intestinal de suínos alimentados com dietas enriquecidas com ácido oleico, AP.R
• Assunto(s): Integração de dados Metagenômica Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: integração de dados | metagenômica | RNA-seq | Wgcna | Genética e genômica funcional, nutrigenômica

Resumo

O principal objetivo desta proposta é identificar as diferenças na comunidade microbiana de suínos alimentados com dieta basal com adição de 3% de óleo degomado de soja (SOJ) x dieta basal com adição de 3% de óleo de canola (CAN), e explorar as correlações entre o perfil transcriptômico e o microbioma desses animais. O suíno é um excelente modelo animal para se estudar distúrbios metabólicos que podem ocorrer em humanos. Assim sendo, 48 suínos machos imunocastrados da raça Large White, provenientes da população experimental do projeto Jovem Pesquisador FAPESP (2017/25180-2), foram submetidos às dietas experimentais (SOJ e CAN), e foram abatidos aos 169 dias de idade (peso vivo médio final de 133,9 + 9,4 kg). O músculo esquelético (análises transcriptômicas) e o conteúdo do ceco (microbioma) foram coletados durante o abate. As fezes foram coletadas, diretamente do reto dos animais, aos 166 dias de vida (microbioma). A caracterização do microbioma será feita pelo sequenciamento do gene 16S rRNA, seguindo o protocolo 16S Metagenomic Sequencing Library Preparation (Illumina), e utilizando a plataforma Illumina MiSeq. Para integração do perfil transcriptômico e microbioma dos animais em cada uma das dietas serão realizadas análises de co-expressão gênica utilizando o pacote do R WGCNA (Weighted Correlation Network Analysis). Essa análise irá revelar módulos de genes correlacionados com a abundância das bactérias (nível de gênero) identificadas no ceco dos animais. Por fim, será usada análise de correlação do coeficiente de Spearman para calcular a correlação entre os hub-genes dos módulos significativos e as abundâncias das bactérias do ceco. Que seja do nosso conhecimento, este será o primeiro estudo em suínos que visa integrar dados transcriptômicos e do microbioma utilizando redes de co-expressão gênicas. O potencial de inovação do estudo está na identificação de alterações no microbioma do trato gastrointestinal em função de dietas diferenciadas, podendo contribuir para programas de dietas individualizadas e mitigação de doenças metabólicas em seres humanos. Essa proposta está vinculada ao auxílio à pesquisa FAPESP 2021/01664-6, em vigência até 31 de julho de 2025. (AU)