Desenvolvimento e aplicação de uma ferramenta computacional para investigação da diversidade de espécies bacterianas com base em dados metagenômicos

• Processo: 24/01729-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2029
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia
• Pesquisador responsável: João Carlos Setubal
• Beneficiário: Arthur Henrique Barrios Solano
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 21/10577-0 - Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3), AP.CEPID
• Bolsa(s) vinculada(s): 25/22926-0 - Revelando a diversidade global de subespécies de gêneros bacterianos por meio de dados metagenômicos em larga escala, BE.EP.DD
• Assunto(s): Acinetobacter Biologia computacional Metagenômica Moraxella Xanthomonas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Acinetobacter | bioinformática | metagenômica | Moraxella | Stutzerimonas | Xanthomonas | bioinformática

Resumo

Propomos desenvolver um pipeline que seja capaz de realizar levantamentos computacionais da diversidade global de gêneros bacterianos de interesse em dados metagenômicos diversos. Selecionaremos gêneros-exemplo, de preferência gêneros presentes no conjunto de dados metaSUB e de interesse do grupo CEPID B3. Os cinco gêneros-exemplo pré-selecionados são Xanthomonas, Acinetobacter, Moraxella, Stutzerimonas e Stenotrophomonas. Como parte deste processo pretendemos identificar novas espécies. O pipeline a ser desenvolvido será disponibilizado publicamente como uma ferramenta que qualquer pesquisador poderá usar para realizar o seu próprio levantamento de gêneros bacterianos de seu interesse. Resultados preliminares no conjunto de dados metaSUB indicaram que nossa metodologia é mais acurada do que ferramentas genéricas existentes, o que nos permitiu identificar grande número de espécies e de Xanthomonas e de Acinetobacter, inclusive algumas potenciais novas espécies desses gêneros.