Modelagem Molecular e Simulações MD de Complexos Proteína-peptídeo

• Processo: 24/23017-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2025
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2025
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Raghuvir Krishnaswamy Arni
• Beneficiário: Nikhil Agrawal
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 20/08615-8 - Exosítios de proteínas, sítios crípticos e moonlighting: identificação, mapeamento funcional e efeitos de alteração estrutural, AP.TEM
• Assunto(s): Proteínas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bash scripting | MD simulations | molecular docking | proteins | python scripting | Pharmaceutical Chemistry

Resumo

Este projeto tem como objetivo identificar e caracterizar interações peptídeo-proteína utilizando técnicas de modelagem. Peptídeos selecionados através de exibição de fagos contra alvos de interesse ser submetido a simulações de previsão estrutural, docking e dinâmica molecular (MD) para avaliar seus modos de ligação e afinidades. Além disso, uma ferramenta de bioinformática será desenvolvido para pesquisar bancos de dados de proteínas em busca de potenciais segmentos contendo proteínas parceirasque correspondem aos peptídeos identificados.